福州市仓山小学创办于1952年3月，原名福建军区干部子弟学校，后更名为福州军区干部子弟学校，隶属福州军区干部部管理，建国以前，这里曾办过日本儿童小学和福建省国立音乐专科学校。
建校初期，学校按部队团级编制。教职工40余人，学校教育经费由军区干部福利费项目开支，教工享受供给制待遇。生源主要为军队团级以上干部子女。1965年学校移交地方管理，校名改为福州市仓山小学。文革期间曾更名为红卫兵小学，1979年恢复为仓山小学。并经省教育厅评审定为首批办好的省重点小学之一。1994年评定为福建省小学名校。2003年4月评为省示范小学，2006年、2009年分别评为第九、十届省文明学校。2005年、2008年连续评为省绿色学校并被省环保局、省教育厅联合推荐参评国家级绿色学校。
