民国初期，北港桥埠创办了学堂，以三都五图的渊源里土地庙作为校舍，旁边是蚕舍，当时的地方绅士、怀北乡乡董赵季云为学校题词置于蚕花殿。上联为“北港建学堂，学舍相依，育蚕育人，千载今论原一贯;”下联为“西邻留圣像，神明所在，治丝治世，双方灵爽牖（yǒu窗户）诸生”。
1948年，已发展成复式班的完全小学。
1964年，原北港小学改建为北港中心小学。
1984年，异地迁建至现址，至2004年9月，全乡8所村小逐年按计划撤并，教育布局调整结束。
2003年3月，开始规划筹建现代的十轨制规模的北港中心小学，再次异地迁建于合欢路旁，2006年9月正式落成。
2010年11月更名为常州市钟楼实验小学。
新校区于2002年起进行规划，占地面积达56695平方米，建筑面积达26000平方米，配套建设300米塑胶运动场和六面篮球场，由钟楼经济开发区投入四千万元建设。内部设备设施按照江苏省教育现代化高标准配置，有图文信息中心、科技教育中心、信息技术教育中心、人防教育基地，多媒体专用教室、舞蹈训练室、科学专用教室、音乐教室、美术专用教室等一应俱全，设施一流，在全市领先。
“动感北小，感动校园”八字办学理念，诠释了在学校发展的过程中，人与人的发展，人与学校的发展，都在“动感”中前进，每天都在发生着感动你我的故事，或环境在影响着人的成长，或人与人之间的温暖，或活动中的情景，或发展中的风景，这一切都将感动着每一个人，教育在这样的感动中诞生，成长在这样的感动中升华，素养在这样的感动中形成。实现这一目标，“搭建社团文化的舞台，亮出科技教育的精彩”为办学理念的实践提供了有力的支撑，“社团文化”是在“国际数棋社、枫叶文学社、佳燕书画社”三个学生社团获全国优秀社团称号后，其他社团有：小记者团、小枫叶报（校报）、北小进行时（校刊）、红领巾电视台、梨花乐韵、绳毽飞扬、乒乓球俱乐部、科普俱乐部、鼓号队、爱心社及教师团队社团，让社团成为第二课堂;“科技教育”是以科技教育中心为核心，国际数棋、机器人工作室、模型制作、创新发明等项目逐渐成为了办学的特色，辅以“科技教育广场”“科学之门——主题景观”为显性的主题教育，让科技教育成为一张学校的名片.
