小西湖小学是一所具有百年历史的老校，创建于清光绪十九年，即一九零六年，始名"普育堂"，地点在秦淮区堆草巷29号，一直没有变迁。
辛亥革命后，"普育堂"义学更名为"翔鸾庙小学"，改用初小年级教科书。
国民党政府定都南京后，市教育局成立。隶属社会局的"翔鸾庙小学"改组由教育局管辖，正式命名为"小西湖小学"。于1927年9月1日正式开学。招生八个班级，一、二年级实行了二部制。
1945年抗战胜利，小学实行"中心校"制，我校定为"南京市第四区中心国民学校"。
1949年新中国成立，学校又恢复了校名--南京市小西湖小学。
"文革"中，学校曾改名为"南京市天安门小学教育营"，1970年又恢复原校名"南京市小西湖小学"。
1999年，区政府投资扩建校舍，教学楼、综合楼总建筑面积6560平方米。2000年落成使用。
2003.9区教育局布局调整，原九龙桥小学并入小西湖小学成为小西湖小学分部。
目前，南京市小西湖小学是江苏省实验学校。本部与分部共有40个教学班，1700多名学生，104名教职员工，本部与分部占地面积12970平方米，建筑面积共约1200平方米，各种现代化教学设施齐全。学校寓德育工作于少先队活动之中，"少年军校"被评为江苏省先进少年军校、南京市优秀少年军校。学校以学生学习心理培育为突破口，进行教育科研，优化学生整体素质。学校的"九五"教科研课题《小学中年级学生语文数学学习心理培育研究》是南京市科研规划课题，并作为子课题参与国家教育部"九五"重点课题《大中小学生心理教育的理论与实践》《中小学生心理障碍的教育与对策的研究》。"九五"课题研究顺利结题后，2000年又进行了江苏省"十五"教育科研课题《引导小学生主动学习的心理培育对策研究》。学校获秦淮区、南京市、江苏省心理教育研究先进集体和国家级课题研究先进集体。并于2005年12月顺利结题。"十一五"学校的《享受童年-小学生主动学习促进心智发展的研究》课题，作为省级规划课题经专家论证，并着手开始研究。学校是第一批被命名的江苏省体育传统项目学校，校女子篮球队参加省级篮球比赛多次获前三名，连续14次获得南京市"新苗杯"冠军。在第8届全运会期间，学校获"全国群众体育工作先进集体"称号。校学生民乐团作为"南京市少儿民乐团秦淮分团"，多次参加市、区比赛和演出，多名学生在全国省、市、区比赛演出中获奖，并有学生出国参加国内外各级演出。2001年在中国共产党成立80周年之际，学校党支部被评为"南京市先进基层党支部"，受到中共南京市委的表彰。
南京市小西湖小学正不断创新、开拓进取、再创辉煌。
