南京市孝陵卫中心小学1924年成立，名为江宁县孝陵卫小学，以孝陵卫街西河边火神庙为校址。1935年，孝陵卫地区划入南京市后，改称孝陵卫乡区中心小学。1946年，拆善司庙（现址）建第十区中心国民小学校。1949年，由军代表接管，称孝陵卫小学，时属中山陵园区。1959年，称紫金山人民公社中心小学，属公社管辖，学校行使中心小学职能，管理公社范围内的中山门、胜利村、牌楼、小水关、高桥门、天堂村、响水桥、石门坎、沧波门、鲍家场、钟灵街、马群、狮子坝、励志庄、五旗、岔路口、蒋王庙、新庄等小学。其后公社规模有所调整，管理学校的数量亦有所变化。1965年，区划调整，中山陵园区与栖霞区合并，划出牌楼、小水关、石山、高桥门、天堂村、响水桥、石门坎、沧波门、鲍家场等小学。
从上世纪六十年代起，周边有五所小学陆续并入孝陵卫中心小学。
1.二道沟民办小学，1958年建，1972年并入。
2.小卫街民办小学，1964年建，初为耕读小学，1972年并入。
3.胜利村民办小学，1964年建，初为耕读小学，1972年并入胜利村小学。
4.胜利村小学，前身为1947年创办的国民党中央教导团子弟小学，规模最大时有16个班级，1948年底撤消。1949年在该校原址的一部分建胜利村小学，1992年并入。
5.双拜岗小学，建于抗日战争胜利之后，1958年改为民办，1975年并入。
1970年-1975年，成立钟山区，学校属钟山区。1979年，改称栖霞区孝陵卫中心小学，1982年中心校设置调整，划出马群地区与玄武湖地区小学。1986年，教育管理体制改革，乡设文教办公室，管理紫金山乡所管辖范围的中山门、胜利村、钟灵街等小学与孝陵卫中学。乡文教办公室设在中心小学内，其负责人由中心小学领导兼任。1987年，划入余粮、沧波两所小学。1993年，紫金山乡并入孝陵卫镇，学校归孝陵卫镇管辖。
1995年，区划调整，学校由栖霞区划入玄武区，中山门小学划出，仍保留原体制未变。1996年，余粮小学并入沧波小学。1997年，撤街道文教办公室，孝陵卫中学由区教育局直管。2002年，教育布局调整，钟灵街、沧波门两校与孝陵卫中学合并。孝陵卫中心小学不再行使中心小学职能。
学校全面贯彻党和国家教育方针，培养学生全面发展，制定"爱国、勤学、求真"的校训，认真实施小学德育大纲，建立教育网络和德育基地。重视班集体建设，在对学生进行思想教育与道德教育时，做到阶段性与系统性教育相结合，课内课外相结合，校内校外相结合，班会与校会相结合，以激励为手段，以活动为载体，以课堂为主渠道，以培养学生的创新精神和实践能力为重点，努力造就全面发展的学生。工作注重实效，踏实进取。
在"尊师、踏实、乐学"的学风倡导下，学生勤学多思，健康成长。学校严格执行课程计划，合理安排各类课程，在课堂教学中，面向全体学生培养创新意识，启发创新思维，开发创新潜能，钻研教材，研究教法，努力使每个学生在阅读、表达、运算等方面达到教学大纲和教材所规定的要求。
学校严格实行每日一次早操和两次眼保健操，并有专人检查，定期评比。教师认真上好体育课，学校每年举办春、冬季运动会，并积极参加市、区开展的各种体育赛事，努力提高学生的运动水平，增强学生体质，每年学生体育达标率均在98%以上。
学校进行教学方法改革和教育科学研究，曾在全市率先取消留级，并进行改革考试方法、减少考试次数、提高语文课讲读效率、数学课讲练结合提高教学密度、自然课提倡动手动脑结合等实践和研究，引起有关方面的重视，广东、广西、浙江、北京、河南、安徽、陕西、及本省许多市县的同行前来参观交流。
学校重视教育科研，进行激励教育和心理教育研究，并十分关注心理教育的实效性，开展了许多富有创意的活动。通过设置"快乐小屋"，制定"快乐自助餐"，编演校园心理剧、心育课本剧，促进学生心理健康成长,收到一定的效果，多次在市、区有关会议上介绍经验，数次被省市多家电视台和众多报社采访及宣传报道。经省心理学会、省教育学会和市教科所的批准，学校成立儿童心理剧研究中心和七色光儿童心理剧团。
在心理教育中，通过多种途径，有针对性地对教师实施校本培训，取得一定的实效，并成为市心理教育师资培训试点校。2000年至2005年，学校先后十几次承办了市、区级教科研现场会。省市兄弟学校先后有四十多批，两千多人次来校参观学习。
教师教风扎实，从实际出发，讲求实效。为了孩子，老师们放弃自己的休息时间，自觉提优补差，许多老师带病坚持上班，到双休日才去看病。在教育教学中，老师们运用激励教育方法，充分调动和激发学生的学习热情，营造了和谐、平等、民主、宽松的学习环境，激励和培养学生积极向上，热爱学习，敢于质疑的心理品质，使不同层次的学生都有所发展，逐步形成了尊师、踏实、乐学的学风和敬业、创新、激励的教风。
在学校组织的观测哈雷慧星科技活动中，因成绩突出，被市科协紫金山天文台定为观测点，学校被评为省科技活动先进集体，有关教师被评为省先进个人。学生制作的无线电门铃被江苏电视台制作了专题片。学生参加区级以上各种类别的美术、歌咏、舞蹈、小制作、小论文等竞赛，有三百多人获奖。在市级校歌大赛中，学校的作品获得一等奖。学校师生自编自演的心理短剧在国家级、省级心育研讨会上表演，并多次在校内外有关会议上汇报或展示，得到领导和专家的肯定。在历年全区田径运动会及市区举办的有关竞赛中，均获得过良好的成绩，参加其他文艺类竞赛也获得过各种等级的奖励。
由学校主编的《学会激励》一书被列为市"九五"教科研丛书，主编的《校园心理教育短剧》、《心育创新之路》公开发行。教师有180多篇论文在国家、省、市级论文评比中获奖并发表。学校参与的多项国家级子课题的研究及省、市、区立项课题研究先后结题，研究成果汇编成册，受到上级领导和专家的关注。
学校先后多人担任区人民代表大会代表、政协委员和党代会代表，涌现省部级、市级先进个人多名。多位青年教师先后在市级、区级上观摩课、公开课、参赛课，获得同行和专家好评。自1995年起，各科教学论文获国家级、省、市级奖二百多篇。有多人被评为市优秀青年教师，校长徐兴昶当选为全国优秀人民教师，谢美萍被评为省心育名校长。
学校图书室被评为市优秀图书室，自然室获市先进自然室和省标准化自然室称号。少先队大队部获市红旗大队、标准化队室、鼓号队一级分团称号。学校先后被评为市、区文明单位、市双拥共建先进学校、市体育传统学校、市德育先进学校、市优秀家长学校、市体育先进单位、市实验小学、省市心理教育研究先进单位、省实施素质教育先进单位，省实验小学。
学校现有28个班，1230名学生。74名教师，其中大专以上学历占80%。学校建筑面积6732、6平方米，新建塑胶环行跑道200米，主、副操场面积共5239平方米，绿化面积2021㎡。各类专用教室12间，教师每人一台电脑，学生电脑有60台，28间教室有多媒体展示台。图书室实施电脑管理，已达到市A级管理水平，现有藏书26583册，生均20册左右。
