惠南镇小学坐落在惠南镇工农南路10号，为上海市为数不多的“百年老校”之一。前身为肇兴实用学堂，1899年（清光绪二十五年）由邑绅顾忠宣将位于邑城东南隅文昌宫（现南汇中学校园内）东门义塾改办而成，当时学生25人，设文、算两科，为南汇第一所新式学堂。
1902年更名为县公学，1905年为官立两等小学。
1912年（民国元年），顾良璧接任第四任校长，更名为县立第一高等小学校，校址迁至惠南书院（原文昌宫北面），学校各项规章制度渐趋完善，主要有《学校章程》七章14条、《学生须知》七款56条以及《职员服务细则》、《职员会章程》、《值日生服务规章》、《家长须知》等十项学校管理章程，其他还有同学会简章等。此时学生人数达到200余人，教职工达到10余人，当初人称“浦左之第一小学也”。这一时期，毕业于学校的有：曾担任党中央书记的张闻天，民建中央常委王艮仲，中央交通部原副部长潘琪，复旦大学经济学教授夏炎德等。1927年学校更名为“惠南小学校”。1938年校舍为日军拆毁，汪伪政权复在南门城南女校旧址（现南门大街41号南园宾馆地址）设“城厢小学”。
1946年，改名为“惠南镇中心国民学校”。1950年，与简师附小、南光小学合并为“惠南中心校”，1952年正式迁入现校址（当时的东门大街24号）。1958年社镇分开，正式启用“惠南镇小学”。1960年被市教育局定为五年一贯制试点小学，1963年被市确定为《全日制中小学暂行工作条例（草案）》第一批试行学校，1977年经市批准为重点小学，1978年以来，县确定为教改实验点。
文革期间，惠小遭受严重破坏，使刚刚开始恢复的学校重又跌入低壑。二十世纪八十年代后，逐步走上稳定发展之路。学校根据教育改革发展的形势，结合学校所处的地位和实际，探索并不断推出学校改革的举措。1985年《中国教育改革和发展纲要》颁布以后，学校加大改革步伐，走“科研兴校”之路。1986年起，学校出台了《全方位优质配套实验方案》（简称惠小一号工程），提出“走科研之路，抓目标管理，促整体改革”的办学思路，经过四年多的实施，初步实现了“学校管理系统化，师资配备合理化，教书育人科学化，校舍环境园林化，教育设备现代化”的办学目标。1991年继而又推出并实施了《研究童心世界，活化教育过程》（惠小二号工程），进一步拓展教书育人科学化的思路，并对学校内部管理体制改革作有益的探索。
1994年起，学校针对现代经济、社会快速发展对人才的需求，根据学校发展现状，一手抓管理改革，向科学管理要质量，一手抓课题研究，向教育科研要特色。花了一年多时间，对“主体教育”的“课题背景”、“课题解释及界定”、“课题的理论依据”、“总框架和目标”、“实施步骤和措施”等问题作了认真的思考和研究，制定出《惠南镇小学“主体教育”总体实施方案》（惠小三号工程，同年被上海市普教学术委员会列为市级课题）。
1998年，惠小诞生100周年之际，学校举行了“惠南镇小学百年校庆”系列活动。活动分“知我惠小”、“兴我惠小”、“赞我惠小”三阶段，主要内容有：举行三个展示（青年骨干教师教学展示、学生“诗、文、书画”展示、“惠小百年华诞历史回眸”版面展示）；出版三本书（《百年树人》校史册、科研文集《主体人格的塑造与完善》、周德镛的教学经验谈《作文教学点滴》），并于10月11日，以“简朴、隆重、富有意义”为前提，在南汇体育馆举行“惠南镇小学百年校庆庆典”暨“惠小素质教育成果大汇演”，有关领导、社会各界、惠小老校长、校友、家长代表及学校教职工等八百多人出席，十多支“百人演出队伍”展示了学校素质教育成果，场面热烈隆重。张闻天夫人刘英题词“学习校友张闻天，报效祖国做贡献”，并发来贺电。
1999年，惠小对各项学校规章制度完善整理后正式出台了《惠南镇小学工作章程》，激励教职工“提高素质，提高效益，提高文明创建水平，提高学校育人质量”。
2000年，惠小又推出实施《小学生主动学习课堂教学策略研究》（2001年初被上海市普教学术委员会评为市级课题），探索小学生主动学习的课堂教学操作策略，以培养学生主动学习的心向和主动学习的能力。
2000年8月起学校逐步实施校园整体建设，学校拆除原四号教学楼（面积850平方米），建造2500平方米的综合实验教学楼，拆迁四号教学楼北面居民住房，扩建约2亩的操场，增设2个篮球场、1个排球场。2003年8月启用新校门、新操场（塑胶跑道、人造草坪操场）。2004年5月建成校园网。2004年8月起翻建五号楼，2005年9月投入使用。2005年8月，建设“三天景观”。2005年11月学校“童天电视台”落成开播。2006年8月彻底整修、塑胶化大小操场。一所百年老校以崭新的容貌展现在大家面前。
惠南镇小学坚持“办一流学校，育一流学生”的办学思想，秉承“求实进取，团结自主”的校训，学生“品行良好，双基扎实，学习能力较强，学有所长”，为社会培养了大量人才。学校规模逐年壮大，至2003学年达到42个教学班，2447名学生数的历史高峰。
学校目前占地面积13000平方米、教学建筑面积9500平方米、绿化面积3000平方米。校园环境布局充满“花园、健园、学园”式的现代书院气息。
学校办学设施面向现代化。自然实验室、劳技制作室、唱游室、舞蹈房、美术室、图书室、微机房、演播厅、多功能大厅等专用室一应俱全；塑胶篮球场、排球场、足球场、跑道等体育设施为全区一流。
学校师资队伍整体实力雄厚。班子团结而富有朝气，开拓创新意识强烈；教师队伍勤于学习、勇于探索、善于实践。
学校已形成“科研领先、管理规范、教学严谨、基础扎实、发展全面”的办学特色；和“团结、自主、求实、进取”的校风；“一尚（高尚的师德）、两爱（爱事业、爱学生）、三高（能力高、质量高、效益高）”的师风；四主“主动规范、主动求知、主动实践、主动服务”的学风。学校追求的办学目标是：努力探索一条实施素质教育的改革之路；努力形成一套实施素质教育的运行机制；努力积累一批实施素质教育的经验成果；努力培养一代主动开拓发展的合格新人。
学校先后荣获了诸如市整体改革实验性学校、市教师自培基地学校、市艺术特色学校、市教育科研先进集体、市行为规范示范校、市德育工作先进集体、全国模范教工之家等荣誉称号；连续多届被命名为“上海市文明单位”。
现改名为浦东新区惠南小学。
