本校前身為「古寧私立高等小學」，創立於民國二年，以李氏宗祠為校舍。民國二十八年日軍攻佔金門，教育一度癱瘓，時辦時停，至抗戰勝利始復校。民國三十七年由旅菲華僑捐資興建二層樓房一棟，翌年不幸毀於﹁古寧頭戰役﹂，大捷後只得借用民房上課。民國四十二年本校因辦學績優，奉令改名為﹁古寧示範國民小學﹂，往後又遭受﹁九三砲戰﹂與﹁八二三砲戰﹂洗禮，校址曾多次遷徙、疏散再借祖祠復校。
迨至民國五十二年始由地方士紳發起捐資興學與政府配合款興建現址校舍規模，民國五十四年配合政府精簡政策，合併﹁安美國校﹂為本校分班，六十三年合併﹁湖埔國校﹂為本校分校迄今(六十七年安美分班又歸併寧中小)。民國六十六年增設幼稚班，七十五年政府鑑於校舍簡陋，乃撥款整建，始有今日之景觀。
本校創校迄今已屆八十寒暑，雖歷經無數烽火戰亂，顛沛流離，幸賴政府、家長、鄉親、僑胞全心關愛與熱心支助，終能屹立不搖而歷久彌新。
