本校前身包含原來的太武小學與湖前小學，兩校均創立於民國40年，教師大部分由軍部政戰處人員兼任，歷經刁茂田、許永設、黃國斌、盧六英、王金錠、楊太平等校長，之後兩校分別易名為山外國校與新湖國校。民國45年，為配合新市鎮發展，將兩校合併，並更名為金門縣金湖中心國民學校，歷任校長有：王素英、江思明、李少懷。民國49年，政府倡導一村一校，新湖國校又再度獨立，民國52年，政府擴大推展學前教育，本校奉准附設幼稚園，新湖國校又併入本校，並改制為新湖分校。民國55年，依據國民教育法規定及均衡城鄉教育發展，更名為金門縣金湖鎮金湖國民學校，歷經楊奕燈、楊長齡、蔡金皮三位校長之苦心經營，校譽蒸蒸日上，民國63年，政府實驗九年一貫教育，金湖國中與本校合併為金門縣立金湖國民中小學實驗學校，民國66年，實驗完成，改名為金門縣立金湖國民中小學，歷經洪文向、陳榮華、李養盛、楊清國、李再杭等多位校長的擘劃經營，創教育史上另一嶄新里程；民國86年8月1日，由於九年一貫教育實驗己告一段落，為因應時代需求，金湖國中遷至新校區，獨立設校，本校復於原址獨立，並定名為金門縣金湖鎮金湖國民小學，先由教務主任陳賢德代理校長一學期，至87年2月16日，調派吳啟騰擔任校長,重新規劃獨立後之各項復原工作，開創國民教育新坦途。
本校歷經四十餘年之滄桑史蹟，在歷任校長精心規劃及慘澹經營下，不斷革新校務，積極辦學，培養不少社會英才。近年來，更積極規劃，改善教學環境，充實各科教學設施，更新電腦資訊設備；設立金門縣資訊教育資源中心，以提昇師生資訊科學之素養；實施小班教學教育，積極推展小班教學，成立金門縣小班教學諮詢中心；加強推展特殊教育，設立金門縣特殊教育資源中心，附設幼稚園，實施幼兒教育；極力推行教育改革；培養讀書風氣，加強生活教育；重視體育活動，鍛練學生強健體魄；增進輔導功能，強化親職教育並加強親師溝通與連繫；重視國民教育之紮根工作，期使學生成為五育均衡發展之現代化公民。
