本校創立於民國前一年四月十五日，校名為蒜頭公學校。民國前一年八月十六日移轉入現在校址:"蒜頭村188號"，民國七年四月一日設立"六腳佃分校"(今六腳國民小學)。民國八年四月一日設立"六斗尾分校"(今六美國民小學)。民國九年四月一日六斗尾分校獨立。民國九年五月一日六腳佃分校獨立。民國十年四月一日設立"灣內分教場"(今灣內國民小學)。民國十一年五月設立"高等科"。民國十二年四月一日灣內分教場改為分校。民國二十九年四月一日灣內分校獨立。民國三十年四月一日改稱"蒜頭北國民學校"。民國三十四年十月二十五日台灣光復,改稱"蒜頭國民學校"，民國三十五年一月二十七日改稱為"六腳鄉第二國民學校"。民國三十六年三月一日改稱為"蒜頭國民學校"。民國四十九年八月一日。縣指定本校為辦理社會教育中心學校。民國五十四年八月一日縣指定本校為辦理重點輔導國民學校。民國五十七年八月一日實施九年義務教育,校名改為"蒜頭國民小學"。
