本校奉嘉義縣政府54.6.2嘉府茂教國字第30092號令成立「嘉義縣水上鄉回歸國民小學」，於民國54年8月1日設校，在校舍未完成前，借用水上國民小學就讀。首任校長委派水上國民小學校長陳春景兼代，55年6月26日為第一屆畢業典禮，與水上國小聯合舉行。56年1月23日正式遷來本校。
本校位於嘉義縣水上鄉北回歸縣標誌西邊六百公尺之處，環境優美，民風樸實，與嘉義航空站鄰，極具觀光之價值。
民國75年2月1日校名改為「嘉義縣水上鄉北回國民小學」，現有教師16人,學生235人，是一所中型智類學校。家長對學校極為熱心，前後經六任校長之經營學校規模粗具，然地處農村與眷區之故，社會資源有限。校舍於民國94年重新改建後為一棟四層樓富麗堂皇之美觀建築，校舍與校園環境為之改觀。
