本校創設於民國三十七年九月一日，其稱嘉義市博愛國民學校。本校的設立與地分人士得推動息息相關，由於當時該地區大都為農田與工廠，特別是木業工廠。之後社區人口逐漸增加，儘管大部分住戶多為勞工階級，仍然對子女教育極度關心，在社區內未有學校的情況下，必須遠赴垂楊、林森（今嘉義師範學院林森校區）、北園等國民學校就讀，對勞工階層民眾來說十分不方便。因此掀起了興學建校之議，當時從事木材生意的地方富賈如林歡邦先生、孫海先生、陳梅官先生等人，發起捐地、集資等運動，最後促成「博愛國民學校」的設立。當時的校門設於本校東側的國華街，即現今的文化路段。
奉准創設之初，由於校舍不及使用，一度還曾有校無舍，而利用林商號木業公司的倉庫充當教室上課。可見當時極備艱辛。為鼓勵勞工及清寒子弟就學，林歡邦老先生更提供台泥股票一萬股設立「林歡邦獎學金」，直接嘉惠眾多莘莘學子。
民國三十九年八月一日，因實施地方自治，嘉義市改隸於嘉義縣行政區，校名改稱為：嘉義縣嘉義市博愛國民學校。一直到民國五十七年八月一日，因實施九年國民義務教育政策，校名再度更動為：嘉義縣嘉義市博愛國民小學。截至民國七十一年原縣轄之嘉義市升格為省轄市，校名亦隨之更改為：「嘉義市博愛國民小學」迄今。
因應時代之需求，本校也於民國六十七年八月一日，設置特殊教育實驗班，接受智能不足學童就學，直接嘉惠照顧教育弱勢族群。民國七十年二月起，設置附設幼稚園，使教育對象向下延伸至學前教育階段。建構較完整的國小教育體系。
