百齡國小成立於民國59年七月，當時定名為陽明山管理局後港國民小學，首任校長是孟繁祚先生，由於教室籌建不及，暫借陽明國中教室上課，編制二十四班。之後歷任校長依序是林榮華校長、劉哲三校長、趙炎煒校長、王璧城校長，至今是第六任紀校長清珍先生。本校位於士林區成立之初因士林國小班級數過多，便將居住於後港里的學生撥到本校就就讀，故民國60年即有第一屆畢業生，孟校長時期，因本校交通甚為不便（只有兩路公車可達且班次又少）故教師流動率很大，孟校長鑒於班級數擴充快，教師流動率亦快，再三考量如何吸引師資時，發現校名為「後港國小」可能是原因之一，『港』給人的感覺即較遠離市區，『後港』更為偏僻，難怪乏人問津，改名之初，因本校位於福中里，曾擬更名為『福中國小』唯恐有『人在福中不知福』之說，而本校離百齡橋雖有一段小距離，然以當時之地標考量，仍以『百齡』較為人知，故於民國63年正式更名為『百齡國小』。
