臺北市中正區東門國民小學成立於清光緒二十三年（1896）陽曆六月，時稱臺灣總督國語（日語）學校附屬學校，限收日籍兒童，為臺灣小學教育之創始。光緒二十八年（1901）四月改稱臺北廳臺北第二尋常高等小學校，首任校長平井又八。；光緒三十二年（1905）八月在東門外（景福門）現址新建校舍；民國元年四月，設新店分校；民國四年四月改稱臺北第二尋常小學校；九月改稱臺北城東尋常小學校；民國十一年四月改稱臺北市旭尋常小學校；民國二十二年十月循仁愛路校地興建三樓鐵筋校舍；民國三十年四月改稱旭國民小學。
民國三十四年抗戰結束，仍用戰前校名，由臺北市教育局接收、監管；民國三十五年（1946）二月改稱臺北市城中區東門國民小學；民國七十九年三月應臺北市行政區調整，再次更名為臺北市中正區東門國民小學。
民國七十年（1981）六月辦理舞蹈教育實驗研究，招收舞蹈實驗班學生三十名，民國七十二年（1983）九月設置資源教室，辦理特殊教育研究，民國七十六年（1987）六月附設幼稚園招生，民國九十年（2001）八月設置病童巡迴班。目前有普通班七十二班、舞蹈資優班四班、資源班二班、幼稚園五班，教職員工一百七十三人，學生二千五百多人。第十二任校長為前校長溫明正先生。現任校長為陳順和先生，是經過校長遴選委員會遴聘為本校第十三任校長。
本校全體師生本著「學校長程發展計畫」，特重藝術層次的展現，追求創新、彈性。一切空間規劃、教學設備，皆以滿足師生教學需求為前題，積極致力於教學硬體與軟體的擴充，以適應教育發展之趨勢；期在校園內構築優美、卓越的教育環境，促進師生與家長及學校與社區的互動，以建構發揮師生潛能之最高品質學校。
知名校友 林志玲。
