本校自民國5年4月1日設立「安順公學校」，校址在總頭里南端，民國9年4月6日設立媽祖宮分校，民國12年4月1日設立鹽田分校（18年3月停辦），22年3月1日媽祖宮分校獨立為海東國民學校，27年12月22日校舍由總頭里遷移至現址，30年4月1日改稱「安順國民學校」，35年4月1日因市區變制，本校由台南縣編入台南市，改稱「台南市安南區第一國民學校」，36年4月1日又改稱「台南市安南區安順國民學校」。38年9月9日設立長安分校，41年8月1日長安分校獨立為現今長安國小；51年8月1日設立和順分校，次年獨立成為今日之和順國小。
