本校校址為新竹市園後街二十五號，前身為昭和十八年（一九四三年），創設的花園公學校。 花園公學校創設之初，原假新竹家政女學校（建華國中前身，當時校址設於孔廟）的禮堂上課，昭和十九年（一九四四年）始遷回現址。 昭和二十年（一九四五年）校舍被炸毀，於是遷到新竹尋常高等小學校上課。
台灣光復後，先併入新竹尋常高等小學校改制的東門國民學校，至民國四十一年（一九五二年）始再於綠水里復校二偃校後，因為校址在新竹公園（公園里）的東方，故取名東園國民學校。
成立之初，暫借東門國民學校辦公、上課，首任校長為劉清本先生。學生除一年級新生外，二、三、四年級由東門、新竹、龍山、民富各校編入，設兒童班十三班，幼稚班、民教班各一班，學生七百五十四名。到了民國四十二年七月二十四日遷進本校上課，當時計有十九班，學生數一一四三名。
民國四十四年七月五日送出第一屆畢業生一百卅名，民國四十七年分出新設建功國校十五班。本校後有交通大學、省立新竹商校，左有孔廟、動物園、體育場，右有工研院、清華大學等，前有交通頻繁的光復路。學區附近已成為樓房櫛比學校林立的文化區。
