本校位於大嶼山大澳街巿街24-26號。於一九一七年創辦，前身是大澳義學。事由倫敦傳道會與道濟堂聯合派遣威禮師來大澳擔任佈道工作，租用太平街民房為佈道所，又教導學童讀書寫字，開教會在大澳辦學之先河，取名“大澳義學”。
一九二五年，正式以中華基督教會名義，創立大澳學校，並由新界傳道會巡牧李澍貴牧師兼任校主。其後校譽日隆，學生人數不斷增加，原址不敷應用，遂遷往街巿街六至八號，並獲政府津貼，擴充班級。時又獲熱心教友支持，商得黃國權夫人、馮耀榮夫人等捐款購得現址，即街巿街24-26號，建堂建校，於一九四一年落成，分成男女兩校舍。自此，雅各堂和大澳學校得獲固定校址。
日軍侵港，淪陷期間，學校停辦，直至一九四六年春，香港重光翌年復校。大澳人口日漸增多，學生人數亦不斷增加，原有四個課室，不能配合實際需要，因此，中華基督教會香港區會請准政府資助，於一九六二年拆卸舊校舍，並就原址填海擴展，改建新堂校，教堂校舍，比鄰並列，一九六三年九月落成開幕，沿用至今。
二零零一年參與教育署（現教育統籌局）校舍改善計劃。工程於二零零三年十一月展開，為期二十個月，新翼於二零零五年六月落成。校園設施亦隨之得到改善，新設施包括：教員室、圖書館、電腦室、輔導教學室、多用途室、會議室及會客室。另全校課室已安裝冷氣，學與教的環境得到大大的改善，教師和學生均可在寧靜而舒適的環境下進行學與教的研習。
