一八六九年，意大利嘉諾撒仁愛修會在灣仔平民區，創辦了聖方濟各學校。早年的學校雖然資源缺乏，但仍興建了一座樓高兩層的校舍，及一個面積頗大的籃球場。修女們基於愛心，收留失學的男女小孩，為他們提供較全面的小學教育。港督布朗爵士參觀本校，對本校的管教方式印象深刻，主動提議將學校改為政府津貼學校，由小學辦至中學行政仍歸修會管理。其後校舍擴建，漸見規模，學生也越來越多。
第二次大戰後，舊校舍損壞，曾修葺重建，直至六十年代，由政府撥地，於堅尼地道現址興建新校舍。為灣仔及附近地區的適齡女童提供就學機會，給她們灌輸知識、培養她們的自立能力、宏揚基督信仰，以建立生的自尊及道德準繩。一百三十多來年來，學校為培育人才、實踐教育理想，付出不少心力，深受本區及附近區的家長歡迎及信賴。近年本區雖有不少舊式樓宇拆卸，原居民遷離不少，但學生人數依然保持穩定。
2008年一月以前，本校分上午班(二、四、六年級)及下午班(一、三、五年級)上課；隨著校舍重置計劃的配合，於2008-2009學年，一至六年級已全面實施全日制上課。
教育目标：引領學校成員認識天主，活出基督的精神，敬主愛人。培養學生效法會祖「謙遜仁愛」的精神，誠摯待人，關懷弱小，服務社群。締造關愛文化，使全體成員和諧共融，對學校具歸屬感。致力全人教育，透過多元化的學習歷程，培育學生多元智能，使其在德、智、體、群、美、靈六育上得以均衡發展，建立正確的價值觀。「以生為本」，關顧學生不同的需要，提升學習能力，使其獲得全面而具個性的發展。使學校成為一個學習型社群，成員均備終身學習的精神和能力，自強不息。透過家校合作，建立良好伙伴關係，使家長認同學校的辦學理念，共同輔助學生健康成長。
