合肥五十九中是由小学“戴帽子”（小学附设初中班）逐步发展起来的。1970年春，在肥西县廿埠小学基础上增设初中班，仅1个教学班，招收初一新生50余名。至1975年，发展为三个年级6个教学班，在校学生约300人。1989年8月，为便于教学和管理，经上派区教委同意，初中部与小学分离，独立建校。1992年，随肥西桃花工业区的开发建设，经县常务会议研究同意，更名为“肥西县桃花初级中学”。
1996年，因安利集团新厂区建设用地及学校教育“两基”达标需要，经肥西桃花工业区管委会同意，迁入合安路与锦绣大道交口东南方的新校址，占地47.8亩，建筑面积4900平方米，设施按省农村初中三类标准配备，在校学生648人，12个班级，教职工55人。1997年8月，学校通过多方筹措资经，建起了肥西县初级中学第一个微机室（20座），启动了全区教职工的第一轮现代教育技术的培训工作，随后被市、区认定为全区现代教育技术培训基地。是年10月，学校整体划入合肥经济技术开发区，隶属合肥经济技术开发区社会发展局管理，更名为“合肥市第五十九中学”。入区后，学校内强管理、外塑形象，办学规模不断扩大：1998年在校生达959人，2000年，在校生近1200人，达19个教学班（先后在廿埠小学和朝霞学校租借4个教室），是当时区内规模最大的一所区属学校。其间，还与合肥市无线电技校联办旅游、机电两个技工班，共招收学生96人（后因教室不足等原因迁至锦绣小学）。
