广州市九十八中学创建于1958年，原为海珠区工商联主办的广联中学，1968年经广州市政府批准，易名为“广州市第九十八中学”、转归市教育部门管理，1975年市属中学行政管理体制下放，学校隶属海珠区教育局，在区政府的领导下，学校一度迅速发展成拥有43个教学班的完全中学。1982年由于校园规模缩小，学校改为只有12个教学班的初级中学，1991年，在市政府刘念祖副市长的亲切关怀指导和市教育部门的大力支持下，在解决了校舍产权归属问题的基础上，新建立了教学综合大楼，并逐步完善了图书馆、实验室，并配备了电教室语音室、电脑室等，办学条件有了一定的改善。然而，由于学校占地面积1580平方米，建筑面积4728平方米，是一所名副其实的办学用地特困学校。
面临着学校规模缩小，场地不足，生源素质教低的状况，多年来该校全体干部教师发扬了“团结、奉献、奋发、进去”的精神，克服了种种困难，坚持全面贯彻党的教育方针，探索主体教育办学模式，加强德育管理与常规教育，积极开展教研，推广电化教学，优化课堂教学，改善育人环境，因地制宜地开展文体科技活动，促进了学生整体素质的提高。尤其学校教学质量稳步上升，从99学年开始，连续三年获初中毕业班综合成绩二等奖。学校电化教学被评为广东省和广州市达标优秀学校，科技教育和文体竞赛获得市教委系统、海珠区教育局的多项奖励，学校团队工作多次获得上级机关的表彰奖励，学校先后被评为市教委系统和海幢地区治安综合治理的先进单位，在社会上逐步形成“教师勤，管理严，校风好”的美誉。新世纪，广州市政府实施“”改造办学用地特困学校“的工程，给学校发展带来新的机遇。2003年2月，学校搬迁到保利花园。新校园占地10000平方米，建筑用地7327平方米，学习环境、教学设备、运动场地有了根本的改变。根据区政府对学校布局调整要求，学校将扩大为24个班编制。
第三组（5个班）：红棉小学、工业大道中小学、南边路小学、梅园西小学、菩提路小学、新民六小学、后乐园小学
第六组（3个班）：广道南小学、金碧一小、培红小学、瑞宝小学、瑞宝花园小学、石溪劬劳小学、晓港湾小学
多年来该校全体干部教师发扬了“团结、奉献、奋发、进去”的精神，克服了种种困难，坚持全面贯彻党的教育方针，探索主体教育办学模式，加强德育管理与常规教育，积极开展教研，推广电化教学，优化课堂教学，改善育人环境，因地制宜地开展文体科技活动，促进了学生整体素质的提高。尤其学校教学质量稳步上升，从99学年开始，连续三年获初中毕业班综合成绩二等奖。学校电化教学被评为广东省和广州市达标优秀学校，科技教育和文体竞赛获得市教委系统、海珠区教育局的多项奖励，学校团队工作多次获得上级机关的表彰奖励，学校先后被评为市教委系统和海幢地区治安综合治理的先进单位，在社会上逐步形成“教师勤，管理严，校风好”的美誉。
学校师资料优良，培养出一批高素质的教师队伍，其中有不少成为学科带头人。教师们以专业的学科知识、高尚的道德标准教导学生成为高文化、高素质的现代人才。提倡学生们运用创新的思想，务实的态度发挥潜力。
