云衢中学有悠久的历史和深厚的文化底蕴。
“云衢”的前身是创建于1808年（即清嘉庆十三年）的云衢书院，曾是香山四大书院之一。“云衢”出自古诗所说的“法眼高悬处，龟蛇势不殊。方生一剑扫，降伏上云衢。”本意为降妖伏魔直上青云，又理解为“云者，青云；衢者，通衢大道也。”即意喻为在此读书，可直通青云大道，步步高升，成就功名。
1985年，云衢中学重建。学校于1986年在云衢书院旧址附近的白塔埔前落成，1991年，云衢中学与南朗中学合并，1999年，云衢中学与横门中学合并。
2007年秋，云衢中学与翠亨中学合并。南朗镇人民政府斥巨资重选址新建校舍，瞿良中担任校长。
新云衢中学是南朗镇委镇政府全力打造的重要民生工程，2005年动工兴建，首期投入1亿元人民币。学校于2007年投入使用。占地面积180亩，规划建筑面积达62725平方米，第一期工程建筑面积为32890平方米。拥有53个教学班、160多名教师。学校办公楼、教学楼、综合楼等各功能场室配备较为齐全，物理、化学、生物、语言实验室、多媒体电教室、电脑室、美术室、音乐室、舞蹈室、图书馆、阅览室等教学功能专用室一应俱全。有400米标准运动场，多个标准篮球场。
在新校园建成的同时，学校大力进行软件建设，整个校园焕发出新的生机。学校秉承“以人为本、和谐发展”的办学理念实行人性化管理，积极营造协调和谐的工作氛围。把以德立校作为办学的核心要素，依托本地人文底蕴，整合地域人文资源，采用思想教育与行为训练、人文教育与环境熏陶并举的德育策略，促进学生整体素质的提高和良好校风的形成。教学管理依照“人文素养＋个性特长”的办学模式，积极开展教育教学科研，以课题研究为抓手，推进校本教研的进程，通过教师的专业化建设，教师的整体教学水平有了很大的提高，学校整体办学水平也有了大幅提升。2008年中考，共793名学生参加考试，据统计，考上市第一批普通高中录取线的学生共259人。上重点人数比例首次突破30%，达到30.10%，实现了上省重点高中和上省一级学校人数两个翻一番。在这批学生中，达到纪中、一中、侨中分数线共有100人。其中有38人（含特长生5人）达到中山纪念中学录取分数线，在纪中录取学校中排名第六。其中以下同学：冯洁瑶660分、植健657分、范嘉谊650分、黄心怡650分名列中山市考生前茅。信息学特长生程帜良、程嘉伟；美术特长生黄小玲；体育特长生麦冬梅、张玉婷被纪念中学破格录取。。现学校正以此为其契机，按照“依法治校、以德立校、质量兴校、勤俭办校”的思路，以优异的内部软件建设来配合新的、一流的办学设施，向省一级学校迈进。
