我校创办于1965年，80年代初，为了方便各村群众子女就近上学，当时的莲溪镇政府将莲溪中学搬迁至现校址莲溪安江路369号。莲溪中学位于生态环境优美、水乡文化浓郁的莲洲镇北部，是我区最北的一所农村初级中学，生源主要来于莲洲镇莲溪片的10个自然村（红星村、文锋村、新丰村、东安村、上栏村、下栏村、石龙村、莲江村、光明村、东湾村）。我校2005年被评为区一级学校，现有教学班8个，学生343人、教师31人。其中，中学高级教师1人、中级教师22人、在职研究生学历1人、本科学历21人。中共党员16人（含退休3人）。
在上级领导的关怀和支持下，通过全体教职员工的共同努力，学校树立“文明、好学、团结、开拓”的办学理念，教风学风日渐浓厚，教育教学质量稳步提高。近年来，师生的违法犯罪率为零，多年获得区德育工作先进单位奖和区教学质量进步奖。2009年、2010年我校参加中学生广播体操比赛分别荣获区级团体一等奖；市级团体三等奖。2009年中考成绩:总平均分、合格率均居全区第4位，农村中学首位。后进率控制的效果较理想，居区首位。2010年中考成绩：总平均分、合格率、有效控制后进率在全区13所中学排列前第三名。2011年中考成绩：总平均分348.6，在全区农村初中排行第三；六科后进率控制在6.8%，在全区初中排行第三位。
学校管理规范有序，制度建设日臻完善。2003学年度学校档案综合管理升为省一级单位。2004年、2006年、2009年我校分别被区教育工会授予校务公开先进单位。2008年，我校档案工作管理被区教育局评为先进集体。2010年我校党支部被评为区级先进基层党支部。2009学年度和2010学年度被评为区级德育工作先进单位和教学质量先进单位。仅2010年度，我校教师科研成果奖：省级二等奖、市级二等奖各1人、市三等奖2人、区级奖10人。学生比赛获奖：市级奖1人、区级特等奖、一等奖各2人、二等奖7人、三等奖17人。2011年度，郑开武校长的论文《狠抓养成教育形成良好校风》、《激发教师的热情调动教师的积极性》分别获省二等奖和省三等奖；张建国主任的论文《浅析班主任的领导行为》发表于《广东教学》第1605期；周健强主任的论文《宜将旧酒装新瓶——新课标下的初中语文教学新方式》2011年9月25日发表于《读与写》（第8卷第9期）；郑开武校长的论文《养成教育之我见》2011年10月10日发表于《中小学教育》（总第79期）；周丹丹、李嘉欣、何幸怡同学2011年7月参加珠海市首届“初语杯”读书征文活动获市三等奖；周慧怡、何雅婷、周紫莹三位同学征文在2011年3月发表于《中学生报》第1948期；郑开武、曾强辉、张建国、刘观长、肖剑民，李徳宏等老师先后获斗门区先进教育工作者、斗门区先进德育工作者、市、区先进教师、优秀班主任等光荣称号。
近年，虽然受教育资源整合等因素影响，学校办学条件相对落后，但我校秉承“文明、好学、团结、开拓”的办学理念。特别是为进一步在全社会营造尊师重教的良好氛围，斗门区以“三个代表”重要思想为指导，深入学习实践科学发展观，全面推进“科教兴区”战略，创新尊师重教机制。斗门区采取领导到学校挂点，相关部门齐抓共管等方式，用实际行动践行教育优先发展的战略地位。其中区委书记、区人大常委会主任焦兰生同志亲自到斗门区最偏僻的初级中学（莲溪中学）挂点。焦书记坚持每学期在开学之际，他均亲临我校。2009年9月2日，在全国第25个教师节来临之际，焦书记率先垂范，亲临我校与教师们进行了亲切的座谈，并发表了重要讲话。焦书记向教师们提出了三点要求。一是责任、二是榜样、三是爱心。焦书记还提出了三点希望来勉励全体学生。一要勤奋、二要自信、三要感恩。我们以此为契机，在本校内掀起“内强素质教书育人，外树形象为人师表，奋发有为争当先进”的热潮。克服困难，真抓实干，大力推进素质教育，加强校本教研、师资队伍、养成教育、校园文化等建设，积极创建平安和谐新校园、办好人民满意学校，为我区“打造三大平台”，建设现代生态农业基地努力工作。。
莲洲镇莲溪中学根据市政府常务会议纪要第31期《研究推进全市中小学校舍安全工程》及《关于进一步做好我市中小学校舍安全工程工作的通知》（珠校安办[2009]5号）的要求，实施中小学校舍安全工程，直接关系到广大师生的生命安全，关系到社会和谐与稳定，是一项重大的政治任务和民生工程。经莲洲镇镇委镇府及区教育局的调查研究论证，同意切实解决好农村地区教育设施落后，综合抗灾能力差的状况，拟在莲洲镇莲溪中学校内拆除8栋危旧教学楼及6栋宿舍楼，兴建新的教学楼、综合楼。该项目建设概况如下：拟建筑面积7900平方米；项目总投资第一期估算为1936．7万元。按照省、市、区的要求，充分运用教学资源，优化教育结构，调整布局，不断提高办学效益，计划于2012年9月将莲溪中学和莲溪中心小学校合并一所九年义务教育的学校，建设规模为20个班，可容纳1000名学生。
