南京市第三高级中学是一所具有百年悠久办学历史的江苏省四星级高中。
我校坐落在白下区太平南路商业街。校址原为创建于光绪二十八年（1902年）的上元高等小学，而后四易其名，1938年改为正始中学，1946年学校改称为南京市第三中学。从四十年代正始中学的“格物致志诚意正心修身齐家治国平天下”;到五十年代的“诚朴友爱勤学向上”;到八十年代“五有一和谐”的办学蓝图和九十年代的“教学生学会做人，教学生学会学习”，学校贯穿着一条“治学做人”的办学理念。1995年被确认为南京首批重点高中，1998年被确认为江苏省重点高中，1999年被评为江苏省模范学校，2005年被省教育厅确定为四星级普通高中。
根据白下区政府有关教育布局调整的决定，2005年南京三中高、初中分别独立设置。独立高中为两个校区，即“三中本部校区”（白下路117号）、“三中高三校区”（金銮巷2号）。2005年8月，独立初中移址办学（校址：文昌巷63号，原南京22中校园），更名为“文昌初级中学”，实行了“三独立”。
2011年4月，经南京市人民政府办公厅批准，南京三中、南京六中两所百年老校资源整合，成立新的南京市第三高级中学。学校秉承陶行知老校长办学思想，以办人民满意的教育为宗旨，在推行素质教育的道路上积极探索适合不同学生终身发展的教育，坚持办学的多样化和特色化，努力把新三中办成江苏省四星级优质高中校、全国学陶师陶基地校、国际有影响的素质教育特色示范校。学校的办学思想、办学理念、学风、教风和校风深入人心，得到社会各界的高度赞扬和充分肯定。学校现为一校两部和四个校区的教育规模，其占地面积达80多亩;学校现拥有98个教学班级，在职教职工432人，在校学生4100多人。
教师队伍中拥有江苏省特级教师、市区学科带头人、市青优120人，博士、研究生学历80多人，一批教学业务精湛、管理经验丰富、工作精力充沛、教学实绩突出的优秀教师构成了三中高素质的教师群体。校长吕天纵是南京市名校长，首届行知奖获得者，自2004年南京市教育局对高中的办学绩效进行评估以来，学校连续八年获得南京市高中办学绩效和高考质量两项最高奖励，今年还蝉联南京市第二届校长质量管理奖。学校重视素质教育，建有校本课程教研组，15年来，每学期都开设二十多门校本课程。体育、艺术和科技等校本课程已经在国内外产生了一定影响，特色显著。
