本校創始於民國四十五年九月，初為美濃中學六龜分部，借鄉公所辦公廳上課。
民國四十六年九月，購妥校地三甲，興建木造教室七間，旋遷入新建教室上課。
民國四十七年奉令獨立設校為「高雄縣六龜初級中學」，首任校長為分部主任趙連奎先生。
民國五十四年調派顏凱雲先生為第二任校長。
民國五十七年奉台灣省政府核准為「高雄縣立六龜國民中學」，方便本鄉子弟就讀。
民國六十年調派許舜雄先生為第四任校長。師生自力增建籃球場、國父銅像台、涼亭、噴水池、排水溝及抽水塔。
民國六十一年奉准設立「高雄縣立國民中學桃源分部」。借桃源國小上課，調派林同科先生為分部主任。
民國六十二年桃源分部奉令改為「寶來分部」，借著濃村會館上課。
民國六十三年正式在寶來建校。
民國六十六年八月寶來分部奉准獨立。
民國六十七年林明美女士接任第六任校長。興建圍牆、司令台、改建校門，四育並重，校譽日蒸。
民國七十四年莊鳳麟先生接任八任校長。興建原住民學生宿舍，添購圖書設備，改善校風，建立學校特色。
民國七十六年陳清泉先生接任第九任校長。改善教學設備，成立校友會，結合社區與學校資源，順利推展校務。
民國八十年林武先生接任第十任校長。辦學「人性化」，並建立學生生活常規，致使學校氣象更新。
民國八十五年陳炳瀛先生接任第十一任校長。改善教學行政大樓，除培養良好讀書風氣外，兼重體育與技藝教育，致使橄欖球隊與陶藝屢獲佳績，尤其是橄欖球隊稱霸台湾，獲得「紅魔鬼」的美喻。
民國八十七年黃玉利女士接任十二任校長。秉持「適性教育」的理念，激發學生潛能，除延續橄欖球隊與陶藝教育外，更成立合唱團，並進而獲選為教育部门輔導的合唱團之一。民國八十九年改制為六龜高級中學。陳瑞忠先生接任改制後的第一任校長（校史第十三任校長）。以橄欖球、陶藝、合唱團、原住民傳統舞蹈，舉重作為學校發展特色。
民國九十一年四月廿五日，陳瑞忠校長榮升本縣教育局局長，校長一職由寶來國中校長林文正先生兼代。
民國九十一年八月一日，陳清泉先生接任改制後第二任校長，亦是本校原第九任校長。因曾經在本校歷練過，知曉學校特色與應興應革項目，所以特別重視學生適性學習、資訊與外語教學環境、良好校園倫理與國高中課程之連貫措施等，積極塑造本校為一所人文教育學府。
民國九十七年八月一日，江春仁先生接任本校改制後第四任校長。由於江校長原為六龜鄉子弟，加上又曾在六龜國中服務，對於本校具有強烈的認同感與使命感，並且深知學校特色與可引進之地方資源，希望能夠結合多方條件，重新營造六龜高中的LOGO，並且塑造本校為一所具有優良校園倫理的人文學府。
民國九十九年十二月二十五日，因為高雄縣市合併為高雄市，所以本校校名更正為「高雄市立六龜高級中學」。
