本校創於民國四十年十月，原名『台南市安南區短期農業補習班』，借用海東國小教室上課，海東國小曾燿昆校長兼班主任，一切均甚簡陃。民國四十二年十月，奉准改為『台南市立中級農業補習學校』，省府令派林秋澤先生為校長。
在林校長籌帷擘畫之下，發動台南市各界熱心教育人士，捐贈建校經費，經多方奔走，集資購買現校址之一半，興建教室，始奠定本校之初基。民國四十五年十一月七日，本校在發展初級中學原則之下，奉令改為『台南市立安南初級中學』。此後即以既有基礎，逐步發展。經政府撥發巨款，擴大校區，增建教室，充實設備，開闢運動場地，美化學校環境，規模日隆，已可與市區學校媲美。
民國五十七年八月，本校遵照政府延長九年國民基本教育之決策，改制為『台南市立安南區國民中學』，奉行九年國民教育之宏旨。迄今成績卓著，現有教職員工一百餘人，學生四十二班、一千七百三十人。民國六十二年九月奉准創辦國民中學補習學校，招收國小畢業之失學青年，不受職業年齡之限制，予以深造之機會。迄今畢業學生計有一千餘人，多數均在社會服務，也有相當事業基礎，而繼續升學者，每屆均不乏人。至於學校建設，現有三摟教室四棟、大禮堂一座。舉凡圖書館、電腦教室、自然科學實驗室、音樂教室、家政教室、工藝工廠等，應有盡有。而教育設備，視學校之需要，逐年均在擴充中。
民國六十三年八月第一任校長林秋澤先生奉調本市延平國民中學校長，遺缺調基隆市民德國中校長徐凌雲先生繼任。
民國六十八年八月，徐校長奉調本市南寧國中校長，遺缺調本市安順國中校長林常雄先生繼任。林校長於七十六年二月榮退，遺缺由孫花甲校長繼任。民國七十八年二月孫校長榮退，經省府調台中縣東華國中校長張幸助先生繼任。
民國八十二年四月，張校長奉調本市民德國中校長，遺缺調雲林縣宜梧國中校長劉丁洲先生繼任。劉校長為一腳踏實地之教育工作者，為事平實，對學生五育均衡均極重視，對培養讀書風氣與提高升學率，更不遺餘力，使本校校務蒸蒸日上。
民國九十年八月，劉校長調至本市建興國中，續由曹忠泰校長接掌校印。持續推動九年一貫教育新政策，對各領域課程精神深入了解，並積極發展本校特色，推動基礎教育之願景。民國九十八年七月曹校長榮退，遺缺由郭憲璋先生繼任。
本校雖地處郊區，然環境幽靜，實為一良好的學習處所。今後全校師生在郭校長領導之下，深信對國家樹人教育偉業必有更大貢獻。更希望歷屆畢業校友，對母校應興應革事宜時時提供建言，使母校發展百尺竿頭更進一步
