本校前身是「臺灣省臺南第二中學永康分部」，創立於民國四十五年七月，佔地約二甲三分，由當時台南二中訓導主任鄭鐵先生，負責計劃建校事宜，當年九月招收初中部一年級新生兩班入學，鄭先生為分部主任。民國五十年八月，台南二中遵照高中政策，撥移「台灣省立新營中學」班級數也擴充至十三班，校長熊惠民先生為了實施分工合作，申請准設：教務、訓導、總務三組行政單位，於是初具獨立成校之規模。
民國五十四年五月，經省政府教育廳認為本分部已符合獨立設校之條件，令由台南縣政府接辦並更名為「台南縣立永康初級中學」，首任校長由鄭鐵先生擔任。鄭校長盡心盡力、建校之功不可沒，地方亦深慶得人，初中畢業三屆共六二二人。
五十七年八月，實施九年國教，奉令改制為「台南縣立永康國民中學」，五十九年省派吳錦明先生接充第二任校長。吳校長苦心造詣，慘澹經營，增建校舍，至六十八學年度全校已增至四十班。
六十九年八月，吳校長奉令與歸仁國中校長郭金水先生對調服務，為第三任校長。七十二學年度起奉准附設補校招收新生一班，七十三年五月添購校地○.一○五七公頃。七十八年八月郭金水校長榮退，由學甲國中王校長茂德先生接篆視事為第四任校長，當時全校最多達一○二班，補校三班，學生四六一四人，為本校最高峰時期。
八十七年八月，竹橋國中校長王東醮先生接篆視事，為本校第五任校長，王校長接任後，肩負重任，承先啟後，戮力以赴，積極糾合全校教職員工的智慧與心力，規劃制度，以行動代替領導，揭櫫辦學與理念，加強與地方社區家長聯繫，期使邁向更精緻境界。今後當更戒慎恐懼，加倍努力，尤望長官、各界賢達和學生家長們惠予指導。
民國九十二年八月一日，王校長接任大橋國中，仁德國中徐明達校長經縣府遴選派任接篆本校，為第六任校長。
九十四年八月一日，徐明達校長接任大灣中學校長，本校校長由原教務主任楊景匡主任，經縣府遴選榮升為永康國中校長。
