為了因應學子就讀國中的需求，新竹縣政府乃於五十八年四月委請竹東國中瞿惠生校長為籌備主任，負責規劃籌設新校。為了配合上坪、瑞峰、軟橋、員崠、上館、東寧等里的需求，幾經磋商，最後決定在竹東鎮南郊的員崠子地段購置農地約一甲八分，開始著手動工興建校舍並命名為「新竹縣立員東國民中學」。是年八月，顏長玨女士奉派為首任校長。當時之班級為六班，學生人數共計參佰壹拾人。校舍建築包括辦公室一間，教室九間，工藝教室一間，製圖教室一間，綜合球場一座。草創期間，百事待舉，全校師生胼手胝族，整理校園，可謂備極辛勞。
民國五十九年八月，顏校長榮調由王一平先生接掌第二任校長。在其十二年任內，班級數逐年成長，其中以六十三學年度之班級數達到最高峰，共計有二十一班，而學生數也高達壹千零玖拾玖人。民國七十一年秋，王校長榮調，繼任校長為劉嵒鉅先生。是年之班級數為十八班，學生人數共計捌佰零柒人。在劉校長任內，先後完成了活動中心、生物教室、籃球場、護坡圍牆、家政教室(增建)、視聽教室、社會專科教室、保健室，改善電源燈光設備、操場排水、及駁坎等項工程。民國八十二年三月，鍾校長榮調，由黃裕光先生接掌。由於新竹地區日趨都市化及鄉村人口外流的結果，本項之學生也日益減少，此時之班級數為十三班，學生樹共計伍佰參拾陸人。在黃校長任內完成的重要工程包括改善飲用水、修建教室(換裝鋁門窗)、無障礙設施、消防設備、東寧國中代管校地、充實電腦及各專科教室設備、廁所整修和校園綠化美化等項工程。
民國八十七年八月陳雲月女士奉派接掌第六任校長在就任後，先後完成了禮堂整建、電源整修、校門整建、校園美化、興建PP跑道、架設電腦網路系統及網站、家政烘焙設備以及圖書設備等工程，此外更規劃了學生學習護照，辦理社區家長成長團體、全縣輔導知能研習、英語新課程研習及防震知能研習的多項研習活動。
民國九十年八月陳雲月校長榮調，由彭紹彩先生榮任第七任校長，到任後不斷地加強改善教學環境，充實學校硬軟體設施，更積極主動的規劃校園綠化美化工作，廣植九重葛、櫻花等，以加強學生境教之功，並提高學生的學習成效。
民國九十四年八月彭紹彩校長榮調，由曾美玲校長榮任第八任校長，在任期間完成了屋頂防漏工程，讓學生在下雨天能更安心的上課，在大晴天不會再如此炎熱，也將老舊荒癈的理科實驗室重新裝修成美輪美奐的教師開會及休閒場所，更積極推動合唱團的成立，在校長帶領下，本校藝文及學科表現均有亮眼的成績。
民國九十七年八月曾美玲校長榮調，由陳淑媯校長接任第九任校長，在任期間改善體育館音響設備及推動環境教育相關事宜，充實本校教學設備，讓師生皆有更優質的校園環境與設備
民國九十九年八月陳淑媯校長退休，由陳雯玲校長接任第十任校長，相信由雯玲校長的帶領下定將帶來更不同的學校風氣，帶領員東國中走向臻於完美的境界！
