本校前身為新竹縣立新竹中學分部，成立於民國四十四年十月十八日，初時借北門國小開學上課，次年八月一日奉令獨立，更名為「新竹縣立第二初級中學」，由陳秋炎先生擔任創校校長，並定現址興建校舍，爾後續借民富、新竹國小上課。民國四十七年春，校舍落成後，師生歡欣遷入上課。民國五十七年實施九年國民教育，本校奉命更名為「新竹縣立育賢國民中學」。
民國六十年陳校長榮調光華國中，由姜炫達先生接任，民國七十一年七月一日新竹市改制為省轄市，本校奉命易名為「新竹市立育賢國民中學」。是年姜校長奉准退休，由黃邦生先生繼任，於民國七十三年及七十六年八月分別成立啟智班與舞蹈資優班。民國七十七年九月黃校長榮調建華國中，由黃綠秀先生接任，民國八十四年八月黃校長榮調光華國中。本校校友洪賢明先生奉命接掌本校，民國八十八年九月洪校長榮調成德中學。吳秀真女士獲遴聘接掌本校，同時於八十九年成立融合班，民國九十一年四月一日吳校長榮調新竹市教育局長，校務由教務主任蔡清濱奉令代理。至民國九十一年八月，張峰旗先生獲遴聘接掌本校，並於民國九十三年八月成立語文資優班。民國九十五年八月，張峰旗先生連任校長。民國九十九年八月，黃榮臻先生獲遴聘接掌本校。
本校重要建築史依序為：育英樓完工於四十六年六月，成賢樓一樓完工於五十一年九月，二樓及三樓分別於五十三年與六十年完工，活動中心完工於八十一年一月，崇德樓完工於八十四年七月。本校在歷任校長辛勤經營擘畫下，已頗具規模。現有校地約二點七公頃，四十餘年來作育英才無數。未來相信在政府與地方人士指導協助下，本校定能更加飛躍進步，育英成賢，肩負起國民教育百年樹人的重大責任。
