市長林政則先生於九十三年度同時成立三所學校，東區成立的一所國中命為「新竹市立科園國民中學」。籌備處於九十三年六月九日成立，在地方人士的溝通協調下，經過二次會議後決定將校名更改為「新竹市立新科國民中學」。為使籌備工作得以順利完成，市長林政則先生親自主持十一次籌備會議，在市府各單位的全力協助下，籌備工作進展神速。七月三十一日評選出黃俊輔建築師負責第一期教學及行政大樓新建工程之規劃設計；九月九日價購取得校地內最大一筆土地，並展開地上物查估事宜，清除後，在黃建築師申請建築執照後，即發包動工。
九十四學年度設立三班，學生人數共計九十六名，教師六名，職員三名，工友一名。九十五學年度設立三班，學生人數共計九十六名，新增教師七名。俟九十六年六月完工驗收後即可遷入新建教學大樓使用，後期工程尚分三期工程建設，需要爭取補助款才能將新科國中建設成一個美麗的新校園。
本校位於新竹市東區與新竹縣竹中交界點。位於科學工業園區內，緊鄰金山面公園。
本校土地，校舍以雙面走廊居多。運動場設備完整，校園內設置景觀優美之庭園。目前規劃有普通教室84間、專科教室7間、電腦教室1間、視聽教室1間、多元活動教室0間、韻律教室0間、活動中心0間、圖書室1間、閱覽室1間、辦公室5間、諮商教室0間、家長會辦公室0.5間、會議室0.5間、領域教室4間。
