本校創於民國三十五年五月六日，原為新竹市立新竹初級中學竹東分校，校址即今竹東國民中學現址，卅七年十月奉准獨立，校名為新竹市立竹東初級中學，並派蘇瑞麟先生為首任校長。
民國卅九年重劃地方行政區域，本校隸屬新竹縣，校名改為新竹縣立竹東初級中學，本校棒球隊在劉德彰老師指導下，連續稱霸全省。
民國四十年八月為因應學校發展需要遷建於竹東鎮鳳陽山麓現址，並試辦高中。
民國四十二年核定增設高中部，成為完全中學，校名改為新竹縣立竹東中學，並設立北埔分校(今北埔國中)。四十二年四月一日，並奉指定為社會中心教育實驗學校，這是我國教育史上的創舉，也是當時國際知名的實驗學校。四十三年六月十七日，並舉辦國際觀摩教學，到訪者有亞、歐、美各國學者。
民國四十四、四十五年初中排球冠全省。
民國四十五年新竹縣試辦初中免試升學，本校續設二重(今二重國中)、橫山(今橫山國中)、華山(今華山國中)三所分校及女生部(今竹東國中)與尖石(今尖石國中)、五峰(今五峰國中)兩分班。
民國四十七年，本校附設實用技藝訓練中心，招訓社會青年，授以一技之長。五十年六月，奉命升格為台灣省立竹東高級中學，校長仍為蘇瑞麟先生。
民國五十六年二月，蘇校長奉調省立豐原高商，省府派陳漢宗先生接掌本校，陳校長年輕有為，銳意改革，培養讀書風氣，實施早自習、午休、榮譽班制，延至於今。
民國五十八年，創辦夜間高級補習學校，教育失學青年。六十三年秋，奉准招收一年級商科新生，為本校辦理商科之開端。
民國六十四年三月一日，陳校長榮調台北市教育局服務，省府派汪洋先生接掌本校，汪校長為一溫文長者，極重視科學教育，到任後，排除萬難，興建科學館，接著鋪設運動場的排水設施與改建司令台及擴建文化走廊。
民國七十一年二月一日，汪校長奉准退休，由郎致運先生接掌本校，即積極樹立竹東高中新形象，首先拓寬校門口至禮堂(今圖書館)之道路，並訂定十年發展計畫，加強硬體及軟體之建設，並大力充實教學設備。
民國七十八年二月一日，郎校長榮調員林高中，省府派何維清先生接掌本校，何校長平易近人，能得人和，到任後積極美化校園，收境化之功，故升學率年年提昇，八十二年邁進三十年來之新高。
民國七十八年六月學生宿舍興工，八十一年完工使用；七十八年七月自然科學館動工，八十年五月完工使用；八十年四月三合院教室興工，八十二年完工使用。此外對各項教學設備及圖書充實，更是不遺餘力。
民國八十二年八月，何校長榮調仁愛高農，省府派李逢周先生接掌本校，在李校長及全體老師共同努力下，本校榮獲八十三年公私立高中命題競賽第一名。李校長任內先後完成新校門廣場、中庭荷花池之整建及動工興建學生活動中心。
民國八十四年八月，李校長榮調羅東高工校長，省府派吳勝國先生接掌本校，吳校長在到任後積極推動校務，已先後完成的重大事項有：全校供電系統重新配設，完成供應各辦公室、教室之飲水系統、學生活動中心啟用、普通教室增建為四樓；舊圖書館拆除，改建為教學資源中心；行政電腦化；建立各科題庫系統。主辦北三區個案研習，承辦全省輔導教師研討會及全省管考研習，全省高中訓導主任專業知能研習會，訓導主任工作研討會。推行認輔制度，全省高中輔導專刊評比獲特優。籌設校史館、編纂校誌。
民國八十九年二月一日，改隸更名為國立竹東高中。在吳校長的領導下，除硬體建設外，對學生品德之涵養，課業成績之提昇亦同等重視，多方要求，各項表現皆蒸蒸日上。
民國九十年二月一日，吳校長榮退，由洪永吉先生接掌本校，洪校長是竹苗地區資深的教育工作者，對教育的探究，對學校與家長及地方的互動體認深切，接掌以還，推動校務從根做起，對追求行政服務、教學動能、建築設備、升學競爭力的成長不遺餘力。四年期間戮力從公，勳績卓著，特別是在提昇升學率上，年年締造新高。並先後完成:教室冷氣化、辦公室行政電腦化、各學科專科教室化、綜合運動場PU化、行政大樓及教務處大樓景觀化。成立東中藝廊，並於教學資源中心內設置全國高中職校第一座客家文化中心，及服務社區的網路中心，亦完成全校供電系統之抽換。
自洪校長到任後，除硬體建設外，為達成發揚人文精神，提昇教學品質的目標，倡導多元智能與多元學習，努力推展社團活動，成軍三年的拳擊隊，已三度代表台湾參與世界拳擊大賽。而佳績斐然的管樂隊亦曾榮獲台灣音樂比賽高中職組管樂合奏特優第一名。
