杭十二中的前身是私立中山中学。它是1926年为纪念孙中山逝世而筹建，开始是职业学校，1927年改为私立中山初级中学。校址在杭州马市街石头儿巷。抗战时，学校撤往浦江上课，后停办。1946年秋回杭复校，校址在后市街三桥址的一所民房内，有学生数十人。1949年初搬到昭庆寺后面弥陀山附近，1950年搬到环城西路现校址，与杭女中相隔一道墙，紧邻而居。1956年2月由杭州市人民政府接管，改为公办中学。称杭州第十二中学。增办高中部。1956年前，中共党的组织关系归属中共杭女中支部。1971年，民办凤起中学并入杭十二中。“文化大革命”期间，杭十二中是杭州市的“重灾区”，是所谓的“杭州反逆流指挥部”（造反派组织）所在地，教工之间、师生之间、学生与学生之间严重对立，支部分裂，派性十足，学校遭到很大破坏。粉碎“四人帮”后。别的学校都先后恢复秩序，趋于安定团结，唯有杭十二中仍大打派仗，动乱不已，甚至派性十足的大字报贴到市委书记的办公室前面，干扰市委的正常工作。1978年4月市委决定由市委常委、秘书长孙家贤、市委常委、市委宣传部长孙可达和市文教卫办公室主任吴之岚、市教育局党委书记王鸿礼等亲自挂帅，从兄弟学校抽调干部、教师组成联络组进住杭十二中。并规定每天晚上到市教育局碰头汇报研究。联络组刚进校，只见满院子贴满大字报，责问“联络组将站在那一边？”气势汹汹。联络组成员不受干扰，通过广泛的调查研究，深入地个别谈心，在初步掌握第一手材料的基础上，组织学习，揭批“四人帮”流毒，分清是非，消除派性，拨乱反正，然后落实政策，调整学校领导班子，派来新的党支部书记和校长。以后又经过4—5年努力工作。才使全校教职员工真正从思想上消除隔阂，促进了团结。大家重新振奋精神，埋头苦干抓教学，把学校引上正轨。到上个世纪80年代末90年代初，杭十二中恢复了传统，焕发了青春，教育质量大幅度地得高，无论是思想工作、统战工作、民兵工作、爱国卫生工作、计划生育工作、体育活动、文艺会演、课外科技活动、勤工俭学、高考录取都很好，得到上级的肯定和表扬，学校党支部在1986年、1989年和1991年连续三次被评为杭州市优秀党支部。杭十二中重新成为杭州市有名的普通中学，在杭州有较高的知名度，在普通中学中有“南有七中，北有十二中”之称。杭十二中有着悠久的历史和优良的传统。它办学有自己的特色。她以艰苦奋斗、勤俭办学闻名于全市。它的校舍为一狭长地带。开始时，教室和办公场所为一处简易平房和一座民房（系敌伪产），后面一个礼堂系茅草房，前后两个厕所。教职工宿舍是昔日敌伪产的门房，低矮潮湿，夏热冬冷，教工工资按课时节数计算，每节课时约值2元左右。当时，中山中学周围全是荒地，学校领导和全校师生团结一致，自己动手艰苦奋斗，在环城西路两侧开辟出操场和教学基地以及职工宿舍基地。1956年，学校改为公办后，在市人民政府和市教育局的领导和支持下，逐步建造起四座教学楼（两座二层楼、两座四层楼），上个世纪90年代，又建造了实验楼和六层教学大楼（每层6个教室和配套的办公场所），增添了许多实验设备和体育器材，建造了教工宿舍。学校规模逐步扩大到了36个班级，但仍不忘勤俭办学，凡事能节俭的尽量节俭。场地小，每天清晨，校长带领师生围绕马路跑步或到市体育场锻炼。后面的茅草房礼堂一直撑到危房时才拆除。学校的勤工俭学出色，校办厂、校办农场在全市名列前茅。杭女中对十二中一直都很友好，操场、礼堂经常借给十二中使用。杭十二中坚决贯彻党的教育方针，尊重个性，发展特长，促进学生全面发展。她尊重教师、关心教师、调动教师积极性，努力抓好课堂教学的同时，积极开展第二课堂活动，组织大量的兴趣小组，尤以发展体育活动，美术活动和航空、航海模型为长。学校领导和教工起早摸黑，努力工作。功夫不负有心人，1959年第一届高中毕业参加高考，获得全市高考第三名的好成绩，政治、语文成绩是全市第一名，物理是第四名。有一届全省运动会，杭州市代表团40名运动员，其中有16名是杭十二中的学生。航模、海模曾破世界记录。辅导员金如皋同志被评为全国优秀辅导员。十二中培养了一批闻名于全国、全省的体育人才和美术、航模、海模的先进典型。毕业生中涌现了许多优秀分子：如中央纪律检查委员会副书记刘锡荣，浙江省人大常委会委员林清和，浙江省政协常委、政协科技教育委员会主任、浙江大学第一副校长黄书孟、文艺报主编彭加瑾、浙江省人民政府原秘书长、省国际信托投资公司董事长蔡惠明，空军少将裘本友，杭州市政协副主席马时雍，杭州市人大常委会副主任丁德明、杨耀梁，中国工商银行广州分行行长张衢，杭州市余杭区区长刘庆龙，杭州市卫生局局长邬丽娜，杭州市物价局局长王乃成，浙江省作家协会党组副书记、秘书长郑晓林，作家陈亚男，韩国国画院院长、韩国第六大画家、西冷印社社员闵庚灿，杭州篆刻学会副会长、刻字专家徐银森，西冷印社常务理事、副秘书长黄振中，省博物馆考古专家韩经世，浙江银泰百货有限公司总经理厉玲，浙江通普无线电网络股份有限公司董事长兼总经埋钱沈钢等等。目前，杭州黄龙体育中心主任、杭州游泳中心主任、市体育俱乐部主任都是杭十二中的校友。在省、市航海、航空模型俱乐部、市陈经伦少体校和省市体工大队的骨干，也有不少是杭十二中校友。2000年8月，根据市教委关于调整教育布局的指示，杭十二中和杭十四中强强合并，组成新的十四中。杭十二中建制撤消，全部校舍、校产和人员都并入新的杭十四中。
