2000年，萧山市政府在现址新设北干初级中学，当时定名为“萧山市城厢镇北干初级中学”，从2000年秋季开始招生。鉴于校舍建设还未竣工，第一学年在原萧山区育才初中过渡。2001年3月，萧山成为杭州的一个区，学校改名为——萧山区城厢镇北干初级中学。2001年5月，萧山实施了乡镇的撤扩并后，学校又更名为萧山区北干初级中学。2002年9月13日，杭州市萧山区少年人民防空学校挂牌。
校园占地面积48.66亩，建筑面积14348平方米，绿地面积11904平方米，学校建成了包括行政楼、教学楼、综合楼、宿舍楼、食堂、体育馆、运动场、图书馆、实验室、档案室及相应配套教学生活设施，每个教室都安装多媒体设备，每个教师都配备了电脑并全部上网，基本实现校园网络化。图书馆藏书46000余万册，全国性报刊杂志达100多种。实现24个教学班的规模。学校现拥有在校生1021人。在编教师78人，学历100%达标，其中高学历比例87.2%。党员教师29人。中学高级教师21人，中学一级教师33人。有省优秀教师2人，省教坛新秀1人，市优秀教师4人，市教坛新秀14人，区优秀教师8人，区教坛新秀32人，区学科带头人5名，区园丁奖7人。
