巴蜀学校创办于1933年，创建人乃原国民政府四川省主席、爱国将领王缵绪，它坐落于枇杷山麓、嘉陵江畔的张家花园，原是一所集幼稚园、小学、初中和高中于一体的闻名遐迩的私立学校。创建初期江苏教育家周勖成由黄炎培亲荐出任首任校长，卢作孚、康心如、何鲁等任校董，定下了“公正诚朴”校训,坚持“儿童本位”教育原则，“手脑并用”教育目标，“教养兼施”教育模式，1937年国民政府主席林森亲题“成绩斐然”匾额，教育部指定为“优良中学”。1940年9月29日，周恩来站在学校大操场，作著名的《抗战九问》演讲，听众席地而坐，达三千多人;11月10日，黄炎培约请马寅初作《战争经济问题》报告;老舍、郭沫若、邹韬奋、田汉、胡风、邵力子、沈钧儒等在校园举办了数十场公开抗日演讲;华北游击队司令赵侗，曾在学校讲演报告华北游击队与日寇作战的情况;茅盾、老舍、戈宝权、周而复、郭沫若、阳翰生、夏衍、何其芳、刘白羽、臧克家、姚雪垠、沙汀、艾芜、艾青等多次到校参加中华全国文艺界抗敌协会的会议、活动。巴蜀校园，其时成为了抗日宣传活动的中心之一。著名教育家叶圣陶任国文教员，他作词的校歌传唱至今。
1950年新中国解放后，由西南军政委员会接办，成为西南局干部子弟学校，邓小平同志亲口指示“一切不动。只许办好，不许办坏”。1954年西南大区撤销，学校交重庆教育局直管;1955年8月，巴蜀学校一分为三，中学部改为重庆市第41中学校。1978年，学校被确定为四川省首批重点中学。1991年恢复更名为重庆市巴蜀中学校。
重庆巴蜀中学是重庆市教委直属重点中学，北京大学首批校长实名推荐制中学，清华大学首批自主选拔“新百年领军计划”推荐资格中学，连续五届蝉联中国百强中学（第5名），2014年获全国五一劳动奖状（重庆市基础教育唯一获此殊荣者），1958年获重庆市百面红旗（重庆市中学界唯一单位），2011年入选美国马里兰大学评选的中国高中五十强（第23名），2013年入围《中国顶级中学》名录，全国现代教育技术实验学校，汉语国际推广中小学基地，全国国际象棋高水平后备人才培训基地，国家体育传统项目（田径项目）示范基地，CCTV“最佳雇主”，中央人民广播电台“全国最具幸福感的学校”和“全国校园文化特色奖”,全国德育先进学校，全国艺术教育先进学校，全国奥林匹克教育示范学校，教育部信息化试点学校，全国少年儿童科学体验活动优秀示范学校，全国青少年科技创新大赛优秀基层组织单位，全国中小学创新实践活动优秀组织单位，重庆市文明单位，影响重庆教育十大品牌中学，重庆市教育科研实验基地，重庆市民主管理示范学校。
