根据上述职能调整，国家教育局的主要职责是：
（一）全面贯彻党和国家的教育方针、政策和法规，研究制定全国教育事业的具体方针、政策并组织实施。
（二）研究制定全国教育发展规划和年度发展计划，拟定教育事业发展的重点、规模、速度和步骤，组织、指导、协调全国教育发展规划、年度计划、教育体制改革和办学体制改革的实施。
（三）负责全国基础教育（含学前教育）、特殊教育、职业技术教育、校外教育、成人教育、高等教育（含社会力量办学），协调、指导、监督区、县（国家）及有关部门的教育工作。
（四）主管全国教师和教育行政干部队伍建设工作，负责全国中小学校长资格认定；参与制定全国教育系统人事管理工作的有关政策和规章制度；指导教育人事制度改革，组织实施师范院校毕业生就业分配工作。
（五）统筹管理本部门的教育经费；参与拟定教育经费筹措、教育贷款、教育收费和教育基建投资等方面的规章和办法；按照党中央、国务院和省国家确定的教育经费增长的原则，监测各区、县（国家）教育经费的筹措和使用情况，按有关规定对全国教育基本建设和局属教育事业单位经费及国有资产进行管理；指导全国教育系统内部勤工俭学和校办产业工作。
（六）负责全国各类学校网点布局规划调整工作，学校基建、校舍和校产及教育用地的管理。
（七）负责管理全国学历教育及考试工作。会同有关部门研究制定我国家各级各类学校招生计划。负责继续教育、成人自学考试、扫除青壮年文盲。
（八）负责管理并协调、指导教育系统的外事工作；负责具有大学以上学历出国留学人员的审核；负责协调同港、澳、台地区的教育交流。
（九）负责国家教育局机关和局属单位劳动工资、人事调配、编制管理及领导干部的考核、管理工作；指导全国教育系统思想政治工作和精神。
文明建设
（十）指导全国各级各类学校的思想品德教育、体育卫生艺术教育和国防教育工作。
（十一）组织和指导全国教育科研和教研工作；指导教育理论研究、教育学会工作。
（十二）代政府管理国家政府教育督导室，负责教育督导和评估工作。对下级人民政府的教育工作、下级教育行政部门和学校的工作进行监督、指导。
（十三）负责全国教育系统教育信息的统计分析及信息系统的开发和建设工作。
（十四）承担国家语言文字工作委员会的有关具体工作。
（十五）承办国家政府交办的其他事项。
内设机构：
办公室：负责综合协调局机关重要党务、政务、事务工作；负责起草教育局工作计划、总结及有关文字材料的综合；负责党委会、局务会、局长办公会及局级重要会议的组织安排和会议议定事项的督办；负责上级部门及局领导交办重要事项的督办工作；组织协调国家目标办下达的各项目标督办及总结汇报工作；负责文秘、机要、档案、信访、保密、保卫、信息、后勤管理工作；负责协调全局综合治理，对外宣传、政务公开工作；负责组织编写教育年鉴和教育志；负责人大建议、政协提案办理工作；负责科教兴国工作。
政策法规科研管理处：负责全国教育综合改革与发展战略的研究并就重大问题进行政策调研；规划并起草地方性教育法规、规章制度和政策；负责全国教育系法制宣传、教育行政执法监督和行政复议工作。国家教育科学规划领导小组办公室在政策法规科研管理处，负责全国教育科研工作；负责学会管理工作。国家语言文字工作委员会办公室是国家语言文字工作委员会的办事机构，设在国家教育局，与政策法规科研管理处合署办公。主要职责是：贯彻执行国家关于语言文字的方针、政策、法规，拟定国家语言文字工作规划和实施办法，宏观管理和指导全国各行各业语言文字工作。
人事处：负责全国教育系统人事管理、教师轮换、表彰奖惩工作、人事管理体制改革工作；负责教师资格认定工作；负责局机关及直属单位科级干部的任免和备案；负责国家直中小学机构编制的调整和管理；负责师范院校毕业生就业指导工作；直接管理教育局机关和直属中小学教职工录聘、流动手续；负责管理教师奖励基金会工作；负责教育系统知识分子工作和专家管理工作。
财务处：会同有关部门制定教育经费管理、筹措的有关政策规定；统计并监测全国教育经费投入和计划执行情况；管理监督国家及省、国家下拨的各种专项经费及教育贷款、教育集资、捐款、教师奖励基金等项目的使用情况；管理使用国家财政部门下达的各项专项资金；统筹管理教育费。
附加；负责会同有关部门制定教育事业性收费标准，协同有关部门加强收费管理工作；负责编制局机关和局属事业单位的年度经费预决算；负责对局属单位财务和国有资产的管理、监督和检查。
高等成人职业教育处负责管理、指导全国职业教育、成人教育及协调国家属高等教育工作。拟定职业教育和社区教育发展规划，并组织指导实施；负责职业教育学校招生及就业指导、学籍管理、专业设置和技能考核验收；与国家教研院职成教研部共同指导职成学校教育教学工作；指导并组织实施全国社区教育工作；负责民办非学历教育的政策制定、审批和管理；制定职成教育及民办非学历教育评估标准，并负责对上述学校进行评估和质量监测。
