本校創於民國五十五年秋，校名為「金門縣立金寧初級中學」，斯時因校舍未建，於盤山村借租用民房，暫充教室，學生157人，班級數少，環境也侷促，端賴全校師生同心同德，篳路籃褸，共襄創校壯舉。
五十六年9月新校舍落成，學生人數增為6班237人。
五十七年全國實施九年教育，本校正式改名為『金門縣立金寧國民中學』，學生數為8班326人。
六十七年春奉准改制為『金門縣立金寧國民中小學』，合併古寧小學安美分班，學生人數為24班（國小部8班、國中部16班）986人。
六十九年增設幼稚班二班，學生人數為1113人。
本校自成立以來，經歷任校長呂水涵、蔡世炎、李養盛、翁志勵、陳昆仁、鄭啟超（二任）、楊清國、王世宗、楊瑞松諸先生苦心擘劃，慘淡經營，校務蒸蒸日上，規模略具。現任校長許維民先生，自九十五年八月接任後，珍視賢良績效，積極推展校務，培養優良學風，加強教學、訓導、輔導工作，期能實踐『公、誠、勤、樸』的寧中小精神。
目前幼稚班2班有43名，國小部6班，學生155名，國中部6班，學生177名，另設啟學資源教室2班，總計16班，學生375名。教師32名、職員10名、工友5名、計47名。
