月眉國小創校於民國四年四月一日，時為新港公學校分校，校址與現址同位於新港鄉月眉村123號，民國九年四月一日正式獨立，更名為月眉潭公學校，首任校長為日人細川捨次郎。台灣光復後，於民國三十四年十二月六日由台南州接管委員會接收移交台灣省。民國三十五年一月十七日校名更改為新港鄉第二國民學校，民國三十六年二月十七日更名為新港鄉月眉國民學校。至民國五十七年八月一日起實施九年義務教育，正式更名為新港鄉月眉國民小學迄今。
學校校地原為農業實習地，面積約有7018.128平方公尺，後經屢次的接收移交，現有校地面積以增為22841平方公尺；教室由原有18間，(含木造12間，竹造1間，磚造5間)增建到目前的普通教室22間，專科教室12間，行政辦公室4間，活動中心1間，其他建物尚有師生車棚4座，綜合球場2座，桌球館1間等，民國八十九年獲台塑關係企業認養重建教學大樓一棟，現今教學環境優雅，已成為鄉村型的文化中心。
本校對桌球運動的推展開始於黃金塗校長任內，由陳嘉上老師擔任教練，歷經蕭文淵、許文懷到目前的林長守校長不斷的努力，使得桌球運動的成績，於每年的比賽中，皆能名列前矛，頗受體壇桌球界的肯定。
本校學區原來包含月眉、月潭、溪北、潭大、中洋、菜公、三間等村落，後來因為交通情況的變化及家長意見的改變，三間村的學童已全部遷往新港就讀，菜公及潭大兩村部分學童也分別轉往新港或文昌國小就讀，目前共有本校18班、中洋分校4班，學生人數約580人，教職員工為39人，為本縣規模中型之國民小學。
