民國二十年(1931昭和六年)成立龜仔頭國語講習所，設於公廳廟內，經年餘再遷移至現今校址。民國三十五年九月一日(1946)設立南投縣鹿谷鄉秀峰國民學校永豐分校。民國四十一年十月一日(1952)獨立為南投縣鹿谷鄉永豐國民學校。民國四十四年七月(1955)因行政調整，改為南投縣水里鄉玉峰國民學校。民國五十七年八月(1968)實施九年國民義務教育，改為南投縣水里鄉玉峰國民小學。民國八十八年九月二十一日(1999)九二一大地震，教學大樓倒塌。民國八十九年十二月十九日(2000)獲得國際獅子會300-c1及300-c3認養完成。
