育英國民小學創始於民國31年4月的日據時代，當時的校址位於現今的埔里國中。而創校至今不論校名與校址都歷經幾次的變革：第一次在民國35年，國民政府接收日人小學，定名為埔里第三國民學校，遷校至現今的埔里第二市場。第二次是在民國42年學區劃分，改名為埔里鎮育英國民學校，遷至現今的校址埔里鎮育英街20號。第三次是政府推行九年國民義務教育，改名為埔里鎮育英國民小學。
然而最大的變革莫過於民國88年9月21日的集集大地震造成校舍全毀，其間歷經四年多的歲月，方由第十任校長美旭岡先生帶領全校師生戮力同心完成重建，並於93年2月21日辦理落成典禮。
本校歷任校長：黃結尾、黃炑塘、吳貴郎、黃炑塘、劉壬辰、黃益記、莊欽錫、劉武雄、黃木林、姜旭岡、楊曜銓。
