本校創設於民國３７年３月１日，隸屬於海軍第二造船所員工子弟學校。民國５５年１１月１２日國父誕辰，校舍落成，因命名為澎湖縣馬公鎮中山國民小學。民國７０年１２月２５日馬公鎮改制升格為縣轄市，學校全銜亦更為「澎湖縣馬公市中山國民小學」。
學校特色：語文教學：閱讀、作文、書法皆獨立排課，本縣行動圖書館設於本校，並榮獲教育部閱讀磐石學校，教育局閱讀典範學校。學校公園化：美綠化校園、興建涼亭步道、整建PU跑道、遊戲器材設置適性化，是學生的歡樂場所，是社區民眾活動的好地方。推動學校家庭化：同仁情同手足，師生猶如親子，以和諧、快樂、勤奮、關懷為主旨，發揮學校教育的極致。
