民國三年創校，成立之初為南港地區唯一小學，改制前為台北縣七星區（南港、汐止、內湖、金山、萬里五鄉鎮）中心學校。民國五十七年台北市改制為院轄市，本校隨改制為台北市立南港國民小學。民國六十七年成立啟智班、資源班。民國七十九年成立幼稚園。民國九十二年成立雙語教育班。民國九十五年成立籃球體育班2班(五、六年級各1班)。
現有國小普通班42班(含籃球體育班)、啟智班2班、資源班2班、幼稚園2班、雙語教育班3班。民國96年10月15日動土，並於98年12月25日業奉核准取得使用執照，99年1月20日中午進行全面遷校，至24日凌晨3時完成遷校。99年1月21日起於新校舍上班、上課。
