本校創立於民國前17年6月（清光緒21年），創校迄今已一百多年校史，本校的前身是芝山岩學堂，民國前14年10月1日改校名為八芝蘭公學校，民國10年4月1日改為士林公學校，民國30年4月改為士林國民學校，民國34年光復後改為台北縣士林國民學校，民國38年改制為陽明山管理局士林國民學校，民國63年元月1日改為台北市士林區士林國小沿用至今。
本校的學區雖然幾經變革劃分成立十餘所國民小學，但是由於社會的變遷，工商業的發達，人口的驟增，位於士林中心的本校，學生人數並未減少，因為士林市場鼎盛，餐飲攤販的林立，外來人口的湧入，舊士林文化的式微，所以學區環境品質日漸下降，教育工作百漸艱辛，惟士林社區文物之盛、鄉土文化之美、雖經時空無情的流轉，也難以磨滅，探本溯源緬懷先人的功業，本校在地方人士的協助之下，利用社區資源成立鄉土教材館、校史館與昆蟲貝殼館，除教學使用之外，能回餽社會開放各界參觀，期使鄉土文化再發出璀璨的光芒。
