本校肇始於民國十一年四月奉准設立北門那七十二分教場，借助民房上課，同年六月建新社於城中里〈土城路一九五號〉，民國廿四年獨立定名土城公學校，廿九年九月重建新校舍於城東里三十二號〈今校址〉，民國三十四年八月，台灣光復後陳春發先生為首任校長，翌年一月改稱為臺南市安南區土城國民學校。二月廖承堯先生為第二任校長。之後郭文生、黃朝家、蘇連益、鄭和信、蔡財根、陳中和、黃紹裘、鄭和信、劉國鈞、陳永派相繼接任，鄭和信校長兩度進出土城，陳永派校長則於五十一年八月繼任第十二任校長，任期十二年最久，承襲歷任傅統，大力推動生活教育，注重體育活動，當時男童足、棒球，女童排、籃球以及田徑隊在本市赫赫有名，民國五十七年政府全面實施九年國教，改稱土城國民小學。
