本校於民國五十六年八月,成立為台南市南興國小學東分班,首先設兩班,後來增至五班(六年級回本校就讀),至民國六十七年九月,改為學東分校(奉臺南市政府六七.二.十三南市教國字第五三三五號函轉教育廳六七.二.二教四字第一七四八0號函准予自六十七學年度第一學期程改設學東分校),後來地方人士,學甲寮家長與地方民意代表,積極爭取獨立設校,經過十多年努力,在許添財市長的許可下,於民國九十一年八月一日學東分校,奉准獨立為學東國小。
本校於民國五十六年八月,成立為台南市南興國小學東分班,首先設兩班,後來增至五班(六年級回本校就讀),至民國六十七年九月,改為學東分校(奉臺南市政府六七.二.十三南市教國字第五三三五號函轉教育廳六七.二.二教四字第一七四八0號函准予自六十七學年度第一學期程改設學東分校),後來地方人士,學甲寮家長與地方民意代表,積極爭取獨立設校,經過十多年努力,在許添財市長的許可下,於民國九十一年八月一日學東分校,奉准獨立為學東國小。