上海交大飞达中学实行董事会领导下的校长负责制。校董事长邵士信是原交大附中校长、第八届民盟中央委员、第九届市政协委员、特级教师、上海市优秀校长。
现任校长潘志强是原交大附中副校长兼教务主任，中学高级教师，1983年毕业于华东师范大学化学系，自2011年7月担任我校校长一职。
从学校创办起，校领导十分重视正确的办学思想，坚持贯彻党和国家的教育方针，要求学生德、智、体全面发展;坚持教育为人民服务的宗旨，要对全体学生负责;坚持社会主义办学方向，把社会主义思想道德教育放在学校工作的首位。
学校是一所务实而又能努力满足家长与学生心愿的寄宿制初级中学。教学上以使学生获得扎实的知识为目的，遵循人的认知规律，不跟风，不搞形式上的花架子，郑重对待教学改革。设施上以保证学生健康成长而又能受到锻炼为目的，完善而不奢华。管理上严格而有序，力求管理与学生自律相结合，使学生在合理的约束下具有个人的自由天地。学生的自学、自理的能力强于其他学校的学生，为升入高一级学校和今后的成长与发展奠定了坚实的基础。十余年的办学，因具有良好的校风、扎实的教学、科学的管理和突出的教学成绩（学生参加全国乃至市区的各项竞赛捷报频传;毕业生都能进入理想的高一级学校）受到各方面的好评。
