本校於民國五十四年秋，在新市里（現金門高級農工職校現址）創校，定名為「金門縣立金湖初級職業學校」。民國五十五年更名為「金門縣立金湖初級中學」。民國五十七年全國延長國民義務教育，又更名為「金門縣立金湖國民中學」。民國六十三年奉令與金湖國民小學、幼稚園合併，從事實驗九年一貫制國民義務教育（在現金湖國民小學現址設校），名為「金門縣立金湖國民中小學實驗學校」。民國六十六年七月實驗屆滿，正名為「金門縣立金湖國民中小學」。民國八十二年七月奉金門縣政府（八二）縣文字第一四一五九號核定國中部獨立設校，擇定於太湖南側金門縣金湖鎮新市里太湖路三段一號建校，並於民國八十七年二月份遷入啟用。
