本校前身為「聖功小學」，民國三年六月由天主教神父與教友創辦於天津法租界。首任校長為英懷清女士，次年春由創辦人之一故立法委員夏景如女士接任校長。民國六年增設師範班，民國十年奉准立案。民國十八年改師範班為中學，與小學部分立，重新立案為「聖功中學」。
民國二十五年，夏校長為延續其創校理想，商請天主教聖母無原罪傳教修女會(即聖功修女會)接辦本校。三十七年隨政府遷台，民國五十二年在台復校，五十三年奉准立案為「私立聖功女子初級中學」，五十六年秋增設高中部，更名：「私立聖功女子中學」，民國六十八年更名為：「臺灣省臺南市私立聖功女子高級中學」。
