民國七十八年春，縣府指派當時土城國中校長陳芳雄先生籌辦土城第三所國中，並於同年三月二十八日正式命名為「台北縣立清水國民中學」，是為本校前身。
民國七十九年八月奉准招生，選派尤育士先生為首任校長，當時因校地尚未徵收完竣，乃商借廣福國小上課。翌年又增借清水國小上課，以因應快速增加之學生數。
民國八十一年八月，本校第一、二期校舍完工，且學生人數遽增，乃將暫借讀於廣福、清水兩國小之學生遷回本校現址上課迄今。民國八十三年八月傅朝華先生，奉派接掌第二任校長，第三、四期校舍也陸續完成，至此「清水國中」時代校舍規模成型；民國八十四年八月，有鑑於地方士紳、民眾之需求，希望提昇失學成人教育，乃設立國中補校，首屆招收兩班學生，提供成人補習教育機會，嘉惠地方人士。
民國八十五年八月，本校由於環境優美規劃完善、辦學績效良好，奉令改制為完全中學，因而更名「台北縣立清水中學」，除原有國中部外，另增設高中部普通班八班。縣府遴派黃嘉明先生為校長，接篆視事。八十七年八月，奉縣府再增設體育實驗班一班。另縣府於八十六年間請本校積極規劃興建科學館、圖書館、綜合體育館及溫水游泳池，於八十八年全部順利完工、啟用，此乃本校今日校舍全景。翌年年八月，縣府依據「高級中學法」將「完全中學」改制為「高級中學」。本校因而再改名為「台北縣立清水高級中學」。
本校成立之初，僅有十班，學生四百多人，嗣因辦學績效良好，人數激增，校舍陸續完工，目前學生人數達四千餘人，計有國中部九十二班；高中部二十七班；國中補校三班；高中補校八班，共計一百三十班，教職員工二百九十餘人。
民國九十一年八月，許照庸先生遴選為本校第四任校長，許校長到任以來，即致力於學校軟體工程的提昇及硬體設備的有效應用，以發展「人文、藝術、科學的全人教育」為本校教學目標，務期營造健康、安全、主動的學習環境，充分提供學生適性發展，成為一流的社區高中。
民國九十四年八月，黃文煜先生遴選為本校第五任校長，黃校長到任以來，以「提供適性教育、陶冶健全人格」、「培養國際視野、推動民主素養」、「更新校設施、營造校園形象」及「整合社區資源、發展優質學園」為辦學理念，期能高國中部均衡發展，成為社（學）區認同之優質學園。
