本校前身為屏東縣立東港分部，創於民國五十二年八月一日，由林福泉先生擔任分部主任，學生共三十人。
民國五十七年奉令改設屏東縣立琉球國民中學，省府派曾祥珍先生為首任校長，在諸多艱苦下，積極發展校務，慘澹經營規模粗具。
六十一年八月一日調派楊中柱先生掌本校，擬定本校長程發展計劃，充實各種設備並協同全校教師積極勸學，於是從八班擴充至十班。
六十四年八月一日蘇萬生先生奉掌本校，改善環境、充實設備增強師資陣容。教職員工四十一人，學生班級十七班共七百六十人。
六十四年九月一日本校奉准附中級補校。第一屆畢業生三十五人於六十七年畢業。
六十九年九月二十日至七十年三月二十日由教務主任洪枝法代理校長。
七十年三月二十日何宋錦先生奉派接掌本校，積極綠化校園，振興校風。
七十四年九月二十六日莊博文校長奉派接掌本校積極增加教學設備，改善環境。並提倡愛的教育，活的教育，動的教育，促使本校成為健康的學校，學生班級增至二十班八四五名。
七十六年四月學生午餐正式開辦，促使本校對學生身心健康的維護與促進更加重視，把它列為教育的主要目標之一。
七十七年九月五日尤育士校長奉派接掌本校，積極建設學校，七十八年向教育部门爭取籌設東水延教班琉球分部本校，獲准成立漁技班及美容美髮班，於七十八年九月正式開課，為琉球的職業教育開創新猷。
七十九年九月四日許喬松校長到任，執行學校暨定未竟事項，營造團結和諧氣氛，整體規劃校舍，綠化美化校園，培育術德兼修五育均衡發展健全之國民。
八十一年四月十五日許清和校長接任，積極推展教學正常化，營造適宜教學環境。
八十三年三月十八教務主任蔡家強先生代理校長，宵旰勤勞，積極推廣校務。
八十三年九月七日李榮東校長接任，除特別加強生活教育外，並強調「主動敏捷」的學校行政，「溫馨和諧」的校園氣氛，「因材適性」的學習導力，以構建健康優質的學校文化。
八十五年九月五日陳茂林校長接任，積極綠化美化校園並強調五育均衡發展，營造和諧氣氛，積極推展校務。
八十七年八月八日李清快校長奉派本校至今注重教師專業進修與成長，發展學生多元智慧與潛能，營造安全健康快樂的校園環境。
九十一年八月一日李天富校長接任，以「勤學習、負責任、守秩序、有禮貌」十二字真言，與師生共勉。
九十三學年度李天富校長開始推展"琉中十大基本能力"。
九十五年八月一日林俊傑校長接任。
