本校創立於民國10年4月26日，原名為「萬丹農業補習學校」，由六山定英先生擔任校長。
民國17年由土肥淑人先生接任校長。
民國25年9月，改名為「萬丹農業專修學校」。
民國26年石塜龍雄先生接任校長。
民國33年椎名德元先生接任校長。
民國34年春，日本人以本校為火藥庫，以致4月初為愛國志士所引爆，辦公室、教具等毀壞殆盡。
民國34年台灣光復後，省政府派李允武先生掌校：12月19日改名為「屏東市立初級農業學校」。
民國35年夏季，李校長辭職，省府改派高冠宇先生繼任。
民國36年3月31日，本校奉准改制，命名為「屏東市立第三初級中學」。
民國38年8月，高校長他調，由陳伯尹先生接任。
民國39年10月，屏東改縣，本校亦改名為「屏東縣立萬丹初級中學」。
民國50年9月本校奉選為「科學教育實驗中心」，展開科學研習活動，實施自然科分組實驗，出版科學教育簡訊，舉辦科學展覽等。
民國57年實施九年國民教育，本校於8月1日奉命改為「屏東縣立萬丹國民中學」，選為科學實驗國中之ㄧ，並核定為工藝示範學校。
58年8月23日，李善昌校長奉調「鳳山國民中學」，上級派謝德明接掌本校。謝校長繼續發展科學教育，推動全民體育，並經教育部门核定為體育績優學校。
民國70年省府派鹽埔國中校長胡敏基接掌本校。胡校長對於培養讀書風氣、加強生活教育，推行民族精神教育以及校舍修繕、校園美化、擴充校地，不遺餘力，績效顯著。
民國81年2月22日，溫文華校長接掌本校，繼續推動校務。自溫校長接掌以來，重建美輪美奐、壯觀雄偉的學生活動中心，整建400公尺田徑場，新建司令台、器材室、水泥籃排球場數座，廣植林木，美化綠化校園，加強生活教育，績效卓著。
民國81年開始，本校開辦補校，嘉惠失學鄉民，也闢建標準黃土網球場一座。
民國83年設立夜間籃球場照明設備，提供鄉民及青少年朋友夜間運動場所，嘉惠學子。
民國85年底，行政大樓重建。87年4月，宏偉壯麗的行政大樓竣工。
民國87年2月1日，溫文華校長榮調中正國中，上級調派九如國中校長陳三慶接掌本校，以新穎、活潑、負責的辦學精神，持續推動校務。
92學年度榮獲教育部门九年一貫課程標竿學校。
民國93年8月1日陳三慶校長榮調東港國中，張振成校長接掌本校，繼續推動校務。
民國94年操場及教學區間的馬路，收歸校方所有，使學校成一個完整校區。
民國96年7月張振成校長核准退休，由林邊國中林燕煌校長兼代，認真辦學經營優良校風，九十六學年第二學期由教務主務徐啟裕先生代理校長推動校務。
民國96年8月成立體育班，民國97年8月成立美術班。
民國97年8月王家瑞校長自高泰國中調任，以多元、創新、卓越為辦學核心，推動全人的教育。
民國98年8月成立數理資優班，民國98年8月美籍教師Debra蒞校服務。
