１８８５年，清光緒１１年，英國基督長老教會選定府城台南，創辦了台灣第一所西式中學－「長老教中學」，即今日「長榮高級中學」的前身，迄今已有１１０多年的悠久歷史。
創校初期，校址位於府城二老口街，即今萬鍾社區的衛民街口，１８９４年２月２２日，校舍遷到新樓內的新教室上課。１８９５年，光緒２１年，台灣割讓給日本，長榮中學在第一任校長余饒理先生的策劃下，在困境中繼續苦心經營。
１９０１年，光緒２７年，費仁純先生被英國教會任命為第二任校長。採用漢文、日文、英文教學，使本校的教育方式更趨向多元化。
１９１４年，民國３年，萬榮華牧師出任第三任校長，為發展校務，再作遷校計劃，次年，位於東門城郊現今校址上之新校舍開始動工興建，歷經一年多全部完工後，本校遂於１９１６年正式遷入現址。在萬校長任期內，注重科學、英語、體育，將足球運動引進台灣；同時重視基督教的人格教育。
第四任校長加藤長太郎先生任內，除了成立各種社團、推廣棒球、桌球、書法等課程外，更促成台灣總督府接受本校立案，從此校譽蒸蒸日上。
１９４５年，民國３４年台灣光復後，第五任校長趙天慈先生和１９５１年（民國４０年）第六任校長戴明福先生，均致力維護宗教活動和提高升學率，先後克服經濟困難、強化校友會功能、增建平房教室、廣收學生、推行體育運動、舉辦升學輔導等，奠定校務良好的根基。
１９７３年，民國６２年，蘇進安博士接任本校第七任校長，在董事會、校友會與家長會的支持下，竭盡全力，整頓校舍、美化校園。依照歐洲羅馬式拱形建築之特殊風格，積極再興建現代的教學大樓。先後完成各科教學大樓、實習大樓、教職員公寓和幼教大樓。
２０００年，民國８９年８月，蔡忠雄先生接任本校第八任校長，本著既有教育基礎繼續發揚優良的校風，致力加強學校美化、軟硬體設施、外語與資訊教育。
本校自創校以來，始終稟持基督的博愛與服務精神，細心培育英才；其教育宗旨就是要傳授一般知識青年應具備的常識和學問，預備將來進入更專門的大學院校接受深造。同時以基督教的人格教育來培養知識青年應具有「犧牲與服務」的愛心和獻身的精神，共同促進社會的繁榮，為人類謀福利。
本校學制除日間部外，並於１９６９年附設補校，１９９９年改名為進修學校。日間部包含：普通科之國中部及高中部、綜合高中，高職部設有商業經營科、國際貿易科、資料處理科、綜合高商科、電機科、電腦製圖科、美工科及資訊科。進修學校則設有商業經營科、資料處理科、文書事務科、商用日文科、幼兒保育科、餐飲管理科、電工科、電腦製圖科、美工科、資訊科等，第二專長班有商用日文基礎班、電腦應用班、中餐證照班、烘焙證照班。
國中部之教學目標著重於德、智、體、群、美、靈六育的均衡發展，以培養學生們創造、思考和解決問題的能力，期能藉此陶冶學生之身心、奠定良好的人生觀為教學目標。
在師資方面，聘請教學經驗豐富、成熟穩重、學養俱佳者擔任導師，教學成果煇煌，有口皆碑。
在設備方面，所有教室均裝設中央空調設施，通風、採光、隔音效果佳。由於本校十分重視學生身心的均衡發展，除設有完善的語言、電腦、生物、理化特別教室與圖書館外，更經常舉辦各種戶外教學，聘請專家學者到校演講，並舉辦國外遊學等活動。
本校高中部自創校，至今已有１１０多年悠久的歷史；現在分普通高中和綜合高中，採全面輔導升學。特聘優良與負責師資授課，並擁有完善輔導計劃。普通科教學大樓的特別教室有：生物、化學、物理、地球科學、視聽等教室，與電腦中心、音樂館、圖書館、語言教室，教學設備齊全。多年來，學校不斷地全力改善學生們的學習環境，使高中部的成果達到一流的水準。
為鼓勵學生學業與身心均衡發展，本校除了舉辦生動多樣的社團活動外，更特設各種獎學金，如學業、技能、體育、美術等，希望透過獎勵的方式來啟發學生的潛能。
本校高職部分為日校和進修學校。日校於１９７３年，民國６２年開辦；進修學校則早在１９６９年，民國５８年就成立，教學目標著重在提高教育程度，傳授實用技藝，畢業之後可立即投入社會基層服務，並可依照學生就學的意願投考科技大學、四技、二專。在全體師生共同努力之下，歷年來本校學生升學屢創佳績，代表參加技能競賽，成績優異，均獲得社會人士公認為南台灣的最佳學校。
１９７３年，高職部開辦之初，本校首先增設「商業經營科」，傳授有關商業經營之基本知識和實用技能，以及外語。為使課堂所學能夠實際應用在工作之中，本校更籌建學生實習商店、實習銀行，提供學生們最佳的實習機會。
「國際貿易科」之教學目標乃傳授有關國際貿易的基本知識和實用技能，使學生具有處理進出口貿易之報關、通訊、匯銳、儲運保險、活用資訊等能力，以便及早適應未來即將投入的就業環境或升學。
本校「資料處理科」於２０００年（民國８９年）成立，讓學生學習商業經營管理及資訊基礎專業智能，以達到資訊化、商業化相結合的目標。本科輔導學生在校時須考取會計事務及電腦軟體應用、設計等丙級技術士證照，此外又積極輔導學生參加推薦甄選、聯合分發等管道進入科技大學、一般大學及二專的商業科系，和資訊管理系就讀。
本校１９７４年（民國６３年）成立電工科，民國７５年改為「電機科」。教學目標在培養電機專業學識與電機專業技能等科技人才，並強化「學以致用和手腦並用」的理念。本科設有電機機械實驗、微電腦控制、可程式控制、電子電路、工業電子等專業工廠，並設有丙級工業配線、室內配線檢定場地。全面積極輔導升四技、二專和技能檢定取得丙級證照，升學率年年提高。為鼓勵學生學業、技能、身心三者均衡發展，每學年皆舉辦班際排球賽、蜈蚣競賽、教室綠化、美化，及校外參觀旅遊活動。
為適應工業界之需要，本校於１９７５年，民國６４年設立「機械製圖科」，以培養機械設計所需之專業製圖人員。民國８９年改為「製圖科」。本科除著重在電腦輔助繪圖、電腦輔助製造及上機操作外，更重視理論基礎之學科教育，每學期均安排參觀校外工廠，以增進學生的見聞。近年更積極輔導學生升學技術學院、科技大學、師範大學、軍警院校及二專；並積極鼓勵同學參加乙、丙級電腦繪圖、機械製圖技術士技能檢定，成果輝煌。
本校「美工科」於１９７７年，民國６６年設立，訓練美術設計基層專業人才，結合設計新潮流，視覺傳播藝術美感、電腦繪圖教學，遵照政府證照制度，輔導學生參加廣告設計技術士檢定，升進科技大學、技術學院就讀，是南台灣成效最佳的美工人才的搖籃。
「資訊科」於１９８９年，民國７８年設立。教學目標在於培養電腦維修及程式設計等尖端科技人才。為符合資訊科技之趨勢，本科特設多媒體、微電腦控制專業教室、合格軟體檢定場地。教學設施採軟硬體兼顧，凡電腦軟體實習、系統設計、週邊設備實習、電子學等專業課程的實際操作，皆要求人人一機，以增進學生的學習興趣，提高各項檢定和升學的成果。
本校的教育設施，除上述各科各部的教學大樓及實習設備之外，另有寬廣的運動場、球場、安全完善的學生宿舍、接送郊區同學上學和回家的校車服務、陶冶全校師生身心的音樂館、展示師生作品的藝術館，及可舉辦晨禱、演講、演唱、聚會等各類活動的長榮堂。本校為落實鄉土教育，又設有校史館、台灣教會史料館、歷史文物館、貝類館和礦石館等供師生研究，並開放給一般民眾參觀。在配合教學與輔導工作推行的有校牧室、學生諮商中心、及實習就業輔導處等設置。
本校校牧室為培育全校師生的心靈信仰，每天早上有晨間禮拜，並開設人生哲學課；此外每學期又舉行期初和期末聖餐禮拜，又設有長榮教會，同仁團契、青年團契、合唱團，每逢暑假又舉辦教職員靈修會，以增加同仁對基督教信仰的認識與體會。本校學生合唱團時常到灣教會演唱，使各界人士對本校有更深入的認識。
在推動學生輔導過程中，諮商中心經由專題演講、研習會、個別晤談、團體輔導及刊物的發行、指導閱讀等進行預防性工作，以協助學生獲得健全人格的發展。
實習就業輔導處則統籌全校學生的實習與就業輔導之業務工作。對於職業類科課程之設計和安排，實習工廠和專業教室規劃，尤注重安全和衛生工作，安排學生輪流進入實習商店實習，參加校內外等各項技藝競賽。並配合各科定期舉辦與學生有關課業的校外參觀活動。推動學生技術士證照之取得，輔導在校生參加校內外技能檢定。就業輔導方面，辦理全校應屆畢業生之升學與就業調查，並提供各公司、行號就業訊息，輔導學生就業。
自１９７５年以來，已經與大韓民國光州東岡學園、美國北芝加哥路德高級中學、德國吉夫霍爾恩高級職業學校、日本關東學院中學校高等學校等名校，締結為姊妹學校。自１９６８年起，日本關東地區的扶輪社，為增進日本與台灣兩地青年學生感情的交流，進而促進東亞地區的和平與繁榮，每年聖誕節都贊助當地各中學的師生組團蒞校訪問。
１９９４年９月又在本校內創設長榮幼稚園，同時成立「長榮學園」，實現一貫的全人教育理念。讓一個人從幼兒到成人，都能在學園內接受學術和人格教育，離開學園以後，貢獻其智慧、技能和力量，服務社會，造福人群。因為當時法規限制無法設立長榮小學，讓學園夢想難以實現，加上台灣人口生育率持續下降，衝擊整個教育環境的情形下，本校陸續於2008年停辦幼稚園、2010年停止進修學校的招生；也因著法規、出生率限制的因素讓長榮學園的夢想暫時無法實現。長榮中學積極培育全人教育的理念，卻未因著諸多外在因素改變有著些許的動搖，持續養成優異人才，服務社會，造福人群。
