佛教普光學校成立於一九八八年三月一日，當時校監覺光法師有感於當時新界北區的中、輕度弱智兒童學位嚴重不足，於是接納教育署的建議，將原為佛教正覺學校的舊校舍改作特殊教育學校。其間，政府撥款百多萬元，將教校舍大幅裝修，增設各項設施，使適合弱智兒童教學之用。
因應新界北區的人口斷增加，教育署於一九九六年向本校提出增班要求，以應付社區的需要，當時，本校除了粉嶺田心村之原校舍外，亦於粉嶺祥華村祥智樓地下開設一臨時分校，以收納本區6至16歲中、輕度弱智兒童。在擴班的同時，教育署已通過本校重建計劃，新校舍在拆卸舊校後於原址重建，建築費為港幣捌仟多萬元。新校舍建築工程於同年11月展開，2001年3月竣工。此外，鍾斌銓居士慨捐巨資，資助購置校內設備。重建後的普光學校，為三座四層式的建築物，除二十個標準課室外，更設有家政室、工藝室、美勞室、音樂室、電腦室、言語治療室、自閉症兒童輔導室等。
