本校前稱「保良局兒童訓練中心」，於一九七九年由保良局內的弱能組訓練部門轉為政府資助特殊學校，為六至十八歲的中度弱智兒童提供特殊教育服務。一九八二年接管局內弱能兒童組的學齡兒童宿舍，成為本校宿舍，為一些有需要的學生提供具教育、康樂及復康性的綜合住宿服務。一九八九年四月，學校遷往由余李慕芬慈善基金捐建的校舍，並定名為「保良局余李慕芬紀念學校」，而宿舍亦於一九九九年由保良總局遷往筲箕灣興東村東霖苑，繼續為學生提供住宿服務。
辦學宗旨：本校本著保良局「保赤安良」的博愛精神，為中度智障學童提供一個以生活知識和技能學習為本的全人教育，發展他們的潛能，使成為一個獨立而有貢獻，愛祖國、愛香港，並能以「愛敬勤誠」為處事精神的良好公民。
學與教：本校致力發展及培育學生的潛能，使他們能掌握自我照顧、獨立生活、出外謀生、適應社會的知識和技能，以及與人相處的正確態度。此外，課程內容以單元制活動形式授課，主要科目包括綜合（內容統整了語文、數學及常識）、自理、感知、餘暇、音樂、體育、美勞、家政、設計與科技、獨立生活技能科及延伸課程等。
多年來本校致力為學生提供全面而均衡的教育，由九七年至今所獲得的捐助及基金撥款總額已累積達港幣300餘萬元，而由九八年優質教育基金成立至今，本校共獲10項撥款。於2004年9月本校教師更榮獲「行政長官教學卓越獎」，足見本校不斷追求的優質教育獲得了確認。
班級編制：本年度共開設12班，6班為小學，3班為初中，3班為高中。學生主要按年齡編入不同的班級，但為達到最佳的教學效果，亦會按個別能力編入不同的組別學
學校設施：全校課室、特別室及禮堂均裝設有空調，並裝置有升降機等設備。學校除設有12間課室外，還有戶外攀石牆、圖書館、言語治療室、音樂室、輔導室、科技與生活室、電腦室、視覺藝術室、設計與科技室、多感官綜合訓練室、感覺統合治療室、感知肌能室外訓練場、籃球場、禮堂、會客室、醫療室、教員室、多媒體教材製作室及家長室。
